Далее Василевский говорит, что оперативный план отражения агрессии был тщательно увязан с мобилизационным планом Красной армии и страны в целом; отработаны расчеты и графики на перевозки войск и всего необходимого для них из глубины страны в районы сосредоточения и приняты должные меры для обеспечения перевозок по линии Наркомата путей сообщения СССР. План был отработан не только Генеральным штабом с соответствующими управлениями Наркомата обороны СССР, но и с командованием войск приграничных военных округов. Для этой цели в феврале—апреле 1941 года в Генштаб вызывались командующие войсками, члены военных советов, начальники штабов и оперативных отделов Прибалтийского, Западного, Киевского особых и Ленинградского военных округов. Вместе с ними намечались порядок прикрытия границы, выделение для этой цели необходимых сил и формы их использования. При этом предусматривалось, что войска эшелонов прикрытия к началу действий врага, будучи полностью укомплектованными по штатам военного времени, развернутся на подготовленных оборонительных рубежах вдоль границы и вместе с укрепленными районами и пограничными войсками смогут, в случае крайней необходимости, прикрыть отмобилизование войск второго эшелона приграничных округов, которым по мобилизационному плану отводили для этого от нескольких часов до одних суток.
Окончательная корректировка оперативного плана была проведена в мае — начале июня 1941 года. Над проектом этого документа, получившего название «Соображения по плану стратегического развёртывания Вооруженных Сил Советского Союза на случай войны с Германией и её союзниками», работали Ватутин вместе с Василевским. План был обсужден 24 мая на совершенно секретном совещании у Сталина, в котором принимал участие и Ватутин.
Здесь нужно сделать небольшое отступление, поскольку время от времени вокруг этого документа возникают серьёзные дебаты. Точнее, спор идёт из-за одного абзаца, в котором разработчики предложили «упредить противника в развертывании и атаковать германскую армию в тот момент, когда она будет находиться в стадии развёртывания и не успеет организовать фронт и взаимодействие родов войск». Некоторые исследователи считают, что именно эти «Соображения...» неопровержимо свидетельствуют о планах советского руководства нанести превентивный удар по Германии. Между тем подобная версия — не более чем малоубедительная гипотеза. Реально же известно, что Советский Союз не был готов начать войну с Германией в 1941 году. Сталин, что подтверждается документами, планировал до лета 1942 года завершить модернизацию вооруженных сил и оборонной промышленности. Но чтобы воевать?.. Воевать как раз собиралась Германия, поскольку обстановка для Советского Союза с каждым днём всё больше осложнялась. У западных границ уже стояли в ожидании приказа полностью отмобилизованные и развернутые вооруженные силы Германии. Все чаще и чаще в разведдонесениях и шифровках стали появляться такие тревожные фразы: «выступление Германии против Советского Союза решено окончательно и последует в скором времени», «Оперативный план предусматривает молниеносный удар...». Не проходило дня, чтобы воздушное пространство СССР не нарушали немецкие самолёты. Полеты над советской территорией Германия цинично объясняла неопытностью своих лётчиков. Только за первую половину 1941 года, как свидетельствуют документы, было зафиксировано 324 таких случая. А советскими пограничниками за этот же период было задержано более двух тысяч лазутчиков.
В апреле 1941 года Ватутин провёл командно-штабные учения в Ленинградском военном округе (ЛенВО), для участия в которых были привлечены командование и штабы округа и армий. До этого, в марте, он контролировал разработку командно-штабных учений в Закавказском и Среднеазиатском военных округах. Игра в ЛенВО дала возможность изучить и отработать такие вопросы, как ведение оборонительных операций на широких фронтах против превосходящих сил противника. Учение принесло немалую пользу командирам и начальникам в деле укрепления навыков и расширения их оперативного кругозора на Северо-Западном театре боевых действий.
Одновременно Николай Федорович попросил командующего войсками округа генерал-лейтенанта М. М. Попова доложить ему о том, какие мероприятия мобилизационного характера проводятся в округе на случай внезапного вторжения вероятного противника. Попов, хотя и командовал округом всего два месяца, хорошо владел обстановкой, все нити управления войсками находились в его руках. На основе директивы наркома обороны, сказал он, в округе идёт формирование двух корпусов — стрелкового и механизированного. Кроме того, под Ленинградом, а также неподалеку от Новгорода формируются две стрелковые дивизии. Укомплектование всех частей личным составом планируется завершить к 15 мая, а полная их готовность определена к 1 июля. Наряду с этим одна дивизия переводится на новые штаты, а также начата передислокация ряда частей и соединений в приграничные районы.