Задачи, поставленные войскам 3-го Белорусского фронта, легли в основу плана Вильнюсской наступательной операции. Ее замысел был выработан командующим фронтом при активном участии маршала Василевского. Он предусматривал нанесение силами 5-й армии главного удара на вильнюсском направлении, разгром во взаимодействии с 5-й гвардейской танковой армией вильнюсской группировки противника и освобождение Вильнюса. Левее, на алитусском направлении, должна была наступать 11-я гвардейская армия с задачей форсировать р. Неман и захватить плацдарм на его левом берегу. Левое крыло фронта обеспечивала 31-я армия, наступавшая на Лиду.
Верховное главнокомандование вермахта придавало особое значение обороне Вильнюса как важному узлу коммуникаций, прикрывающему подступы к Восточной Пруссии. С осени 1943 г. здесь возводилась оборонительная линия «Остваль» с использованием бетонных сооружений укрепрайонов, созданных еще польской армией. Командующий группой армий «Центр» генерал-фельдмаршал Модель, стремясь удержать линию «Остваль», пытался остановить продвижение советских войск на рубеже Даугавпилс, Вильнюс, Лида. С этой целью в район Вильнюса стягивались отступающие соединения 3-й танковой армии генерала Г. Райнхардта, перебрасывались из Германии части 2-й авиадесантной и 6-й танковой дивизий. У г. Лиды выгружалась прибывшая из Станислава 7-я танковая дивизия. В район Ошмяны, Гольшаны выходили из боя остатки 707-й охранной и 5-й танковой дивизий. Противник сплошного фронта обороны не имел и оказывал противодействие лишь отдельными подошедшими соединениями и остатками разгромленных частей.
Одновременно с 3-м Белорусским фронтом войска 1-го Прибалтийского фронта должны были провести Шяуляйскую операцию в целях разгрома группировки противника в районе Шяуляя и выхода к Рижскому залива, чтобы отрезать пути отхода группе армий «Север» в Восточную Пруссию.
Командующий 1-м Прибалтийским фронтом во исполнение директивы Ставки ВГК решил, прежде всего, разгромить две обозначившиеся на флангах основные группировки противника — даугавпилсскую и швенченисскую. В последующем намечалось наступать на запад, сосредоточивая основные силы на стыке с войсками 3-го Белорусского фронта и прикрываясь от войск группы армий «Север» частью сил 6-й гвардейской армии. Маршал Василевский, прибывший в штаб фронта, заслушал доклад генерала армии Баграмяна. После чего сказал:
— Надо всегда рассчитывать на умного противника. А как должен поступить умный командующий вражескими войсками в сложившейся ситуации? Разгром группы армий «Центр» и продвижение советских войск к Восточной Пруссии ставит группу армий «Север» в отчаянное положение, изолирует ее от остальных сил вермахта. В обстановке, когда фронт стремительно катится к самой Германии, подвергать изоляции и угрозе уничтожения огромные силы, находящиеся в Прибалтике, — величайшая глупость. Значит, следует ожидать, что Гитлер поспешит отвести группу армий «Север» в Восточную Пруссию, чтобы использовать ее в сражениях за собственно Германию. Если главные силы 1-го Прибалтийского фронта будут наступать на рижском направлении, то их задержат отходящие войска противника, и они не смогут преградить им путь в Восточную Пруссию. Наступление же главных сил фронта на каунасском и шяуляйском направлениях позволит не только содействовать успешному продвижению войск 3-го Белорусского фронта, но и упредить войска группы армий «Север» в выходе к северо-восточным границам Восточной Пруссии.
И. Х. Баграмян в своих мемуарах подчеркивал, что логика рассуждений Василевского была, как всегда, безупречной. Но все же интуиция подсказывала, что противник вряд ли оставит Прибалтику, он, видимо, будет держаться здесь до тех пор, пока советские войска не уничтожат его последнюю дивизию.
— Товарищ маршал, — сказал Баграмян, — начиная с лета 1943 года противник не оставил добровольно ни одного клочка советской земли, несмотря ни на какие выгоды тактического или оперативного значения. Таких тупоголовых упрямцев история войн еще не знала. Кроме того, удержание Прибалтики пока еще не потеряло значения, ибо Финляндия остается в орбите войны, а нахождение немецкого флота в Финском заливе облегчает доставку шведской руды в Германию.
— Для меня это не новость, Иван Христофорович. В случае если и на этот раз Гитлер поступит неразумно, оставив свои войска в Прибалтике, то в дальнейшем это выяснится и тогда можно будет внести необходимые коррективы в наши планы.
Затем маршал Василевский подробно остановился на задачах соседних фронтов, с тем чтобы командующий и штаб 1-го Прибалтийского фронта в своих планах предусмотрели взаимодействие с ними. После этого Александр Михайлович вылетел в штаб 2-го Прибалтийского фронта.