В связи с отсутствием белорусских специалистов немецкие оккупанты стали опираться на польский элемент. В результате на первом этапе войны местные администрации оккупированных западнобелорусских территорий оказались преимущественно в руках поляков, связанных с подпольными структурами АК. Только на территории Новогрудского округа под фактическим руководством АК находилось около трети всех оккупационных организаций и учреждений. Более того, именно из поляков во многих районах оккупантами стали формироваться вспомогательные полицейские батальоны. Уже со второй половины 1941 года участники таких польских батальонов организовали в Лиде и Вилейке расстрелы сотен белорусов по обвинению в "сотрудничестве с Советами". А в Воложине поляки потребовали удалить с должностей всех белорусских лесничих, учителей и священников.
До весны 1943 г. аковские структуры воздерживались от прямых столкновений с советскими партизанскими отрядами. Они предпочитали пакостить исподтишка: нападали лишь на отдельных партизан и советские диверсионные группы, готовившие взрывы германских эшелонов и вырезали их, стараясь не оставлять следов. Кроме того, в г. Вильно был организован тайный Особый военный суд под руководством Охоцкого, при котором действовала т. н. "Экзекутыва", только в 1941 - 1942 гг. физически ликвидировавшая несколько десятков советских подпольщиков.
Очень популярной в АК была склонность мимикрировать под советских партизан. Например, действовавший с 1942 г. в Щучинском районе отряд Яна Скорбы маскировался под советских партизан, прикрываясь обмундированием военнослужащих Красной Армии и русским языком. Наряду с пронацистскими полицейскими структурами некоторые подразделения АК использовали советскую форму и русский язык для грабежа и убийства мирных жителей белорусских и польских сел и деревень. По воспоминаниям Начальника Белорусского штаба партизанского движения Калинина, действовавшие в Вилейской области, "головорезы из банды Лупешко (ротмистра З. Шендзеляжа) не останавливаются ни перед какими провокациями. Они прикалывают к головным уборам красные звёздочки и под видом советских партизан грабят население, насилуют женщин и девушек, убивают стариков и детей"* (П. З. Калинин, "Партизанская республика", Минск, 1968, с. 317 - 318).
Боевики созданного при АК под руководством подготовленных английской разведкой офицеров-поляков секретного "Управление диверсией" ("Кедыв") начиняли взрывными устройствами замедленного действия железнодорожные составы, которые взрывались под Смоленском и Курском, где немцы и искали виновников, устраивая облавы и проводя карательные экзекуции.
В нарушение советско-польского военного соглашения от 14 августа 1941 года правительство Сикорского приняло решение о выводе армии Андерса на Ближний Восток. Передислокация началась в марте и закончилась в августе 1942 года - в самый тяжёлый для СССР период Великой Отечественной войны, когда германские войска захватили Северный Кавказ и вышли к Сталинграду. Всего СССР покинул 75 491 польский военнослужащий и 37 756 членов их семей.
Эвакуация армии Андерса не могла не подорвать доверие Москвы к польскому эмигрантскому правительству, и весной 1942 года в Советском Союзе создаётся Союз польских патриотов (СПП), в который входили коммунисты, левые социалисты, людовцы (т.е. члены Крестьянской партии) и беспартийные. В самой Польше в январе 1942 года под названием Польская рабочая партия (ППР) была по сути дела воссоздана компартия, распущенная Коминтерном в 1938 году.
С начала 1943 года руководство АК стало отстранять от руководства командиров тех своих отрядов, которые хоть как-то сотрудничали с советскими партизанами и развернуло операцию по установлению своего контроля над значительными районами Западной Белоруссии и Юго-Восточной Литвы, а после разрыва дипломатических отношений между СССР и эмигрантским правительством в Лондоне 25.04.1943 г. (после гибели Сикорского в июле 1943 г. правительством Польши возглавил Миколайчик, активно включившийся в начатую гитлеровцами пропагандистскую кампанию по "катынскому делу") конфликт между АК и советскими партизанами перешёл в неприкрытую войну.
Если раньше боевики АК истребляли белорусов, объявляя их перед советскими партизанами пронемецкими коллаборантами, а перед оккупационными властями - просоветскими подпольщиками, то теперь они перенесли свой террор из городов и райцентров в сельскую местность, действуя не только против "партизан и Советов", но и занимаясь уничтожением скрывающихся в лесах евреев, а также поляков и белорусов, подозреваемых в просоветских настроениях. С этого момента соединения АК стали препятствовать передвижениям советских партизан, заготовкам продовольствия, начали устраивать против них засады, а также покушения на их руководителей.