Верховным жрецам Амона-Ра принадлежало 2/3 храмовых земель в стране, 90 % барок и культовых лодок, а также другие ресурсы. С такой властью и влиянием они считались второй вслед за фараоном силой в стране. После распада единого египетского царства в 1075 г. до н. э. фиванская династия жрецов правила Верхним Египтом 75 лет (до 950 г. до н. э.). Военачальник и верховный жрец Амона Херихор был провозглашен правящим верховным жрецом в 1080 г. до н. э., на исходе правления последнего фараона XX династии Рамсеса XI. Прошло пять лет, царь погиб при невыясненных обстоятельствах, страна распалась, а фиванские жрецы (Дом Херихора) сохранили контроль над Верхним Египтом.
В это время в Танисе воцарилась XXI династия (1075-945 гг. до н. э.), но фактически под ее властью находился только Нижний Египет. Ее основатель Смендес I (1075–1048 гг. до н. э.) приходился сыном верховному жрецу Амона-Ра и одной из наложниц фиванского бога, а женат он был на дочери Рамсеса IX, фараона XX династии. Последний фараон танисской династии Псусеннес II (960–945 гг. до н. э.) одновременно выполнял обязанности верховного жреца Амона под именем Псусеннеса III.
В 945 г. до н. э. фараон Шешонк I смог сделать своего сына верховным жрецом Амона и, объединив таким образом Верхний и Нижний Египет, основал XXII (ливийскую) династию.
Культ Амона-Ра египтяне привнесли в подконтрольную Нубию и Судан. Оракул Амона прорицал в оазисе Сива посреди ливийской пустыни. В Греции Амона чтили под именем Зевса-Аммона, мужчины с бараньими рогами на голове.
Атон, сияющий солнечный диск
Атон был известен как второстепенное солнечное божество, одна из ипостасей Ра, со времен Древнего царства. Первые упоминания о нем можно найти в «Повести о Синухете» времен XII династии (Среднее царство), автор которой полагал, что плоть умершего фараона возносится на небеса и сливается с солнечным диском Атоном.
Атону в образе человека с головой сокола (так изображали Ра-Хорахти) стали поклоняться еще при фараоне Аменхотепе III (1403–1365 гг. до н. э.), стремившемся ослабить могущественное фиванское жречество. При его сыне Аменхотепе IV (1365–1348 гг. до н. э.) конфликт столичных жрецов и царя достиг апогея: правитель дистанцировался от верховного фиванского бога, подчеркнув свою связь с солнечным Ра в противовес Амону прекратил строительство храмов Амона и начал возведение храма Атона в Карнаке — храмовом комплексе Фив.
Постепенно Атон вытеснил всех богов, став единственным божеством Египта. На шестом году правления правитель оставил враждебные Фивы, город Амона, запретил его культ по всей стране и перенес столицу в только что построенный Ахетатон (Горизонт Атона) на восточном берегу Нила (ныне Тель-Амарна). Фараон сменил имя на Эхнатон, что значит «угодный Атону», объявил себя его сыном и «единственным, познавшим истинного бога». Позднее под запрет попали культы всех прочих богов, все их храмы были закрыты.
Полное имя истинного бога звучало как «Ра-Хорахти, ликующий на небосклоне, в имени своем как Шу, который [есть] Атон». Этот культ позволил фараону утвердить новую концепцию божественности царя, когда вся жизнь Вселенной зависела от взаимоотношений отца-солнца и сына-правителя (фараон порожден солнечным диском и уходит в него же). Больше не было нужды в многочисленных жрецах, присвоивших себе монопольное право общаться с богами. Атон был творцом всего, создателем, дарителем жизни и благодетелем. Загробное существование больше не связывалось с Осирисом. Считалось, что душа (Ба) умершего проводит день среди живых, а ночью удаляется на покой.
Храмы Атона строились без крыш, чтобы видеть и почитать бога без всяких преград. В храмовых дворах, открытых солнцу, стояли длинные ряды жертвенников, где ему оставляли дары.
Антропоморфного облика у Атона не было — его всегда изображали в виде солнечного диска с длинными лучами, заканчивавшимися кистями рук. Их прикосновения несли живительный свет, тепло и добро.