Монгольское войско включило в свои ряды такое большое количество побежденных, что последние стали предъявлять свои права. Основной проблемой, ставшей перед Чингисханом накануне его смерти, было отношение к побежденным. Одна тенденция заключалась в том, чтобы удерживать их в покорности силой, вторая — чтобы привязать их милостью. Вторую линию пытался провести Джучи и заплатил за это жизнью. В 1240–1241 гг. Бату рассорился со своими двоюродными братьями Гуюком и Бури, выслал их из армии и пожаловался на них их отцам. Хан и хранитель Ясы наказали опалой своих сыновей, но все же возник вопрос о том, кто станет ханом, а кто будет казнен. Оба соперника, Гуюк и Бату, стали искать опоры, причем дети Чагатая присоединились к Гуюку, а сыновья Толуя — к Бату. Но подлинная власть в стране принадлежала уже не ханам и царевичам, а иноземцу, чиновнику Елюй Чуцаю, назначенному Угедеем «начальником великого императорского секретариата», т. е. главой гражданской администрации завоеванного Китая. Странами запада ведал кераит — Чинкай, имевший куда меньшее влияние.
Елюй Чуцай был членом киданьского царского дома, низвергнутого чжурчжэнями. Он получил образование в духе конфуцианской философии и был чиновником чжурчжэньского правительства. Перейдя к монголам, Елюй Чуцай сделал карьеру и стал одним из ближайших советников Чингисхана, испытывавшего нужду в культурных людях.
В конце Чингисова царствования на курилтае был поставлен вопрос о том, что делать с населением покоренного Северного Китая. Народ, страшась монголов, разбегался по горам и лесам, образовывал банды, и пользы от него монголам никакой не было. Монгольские воеводы предложили перебить всех китайцев, а земли их обратить в пастбища, но Елюй Чуцай восстал против этого. С цифрами в руках он показал, какие налоги можно собрать, если предоставить народу право жить и работать. Деньги соблазнили хана, и китайское население было пощажено.
Угедей всецело подчинился влиянию своего министра, произведшего в 1229 г. реформы, которые должны были превратить военную монархию в бюрократическую. Судебная реформа установила судопроизводство, ограничив тем самым произвол властей, т. е. монгольских офицеров на гражданской службе.
Финансовая реформа ввела обложение самих монголов однопроцентным налогом. В 1230 г. Елюй Чуцай сказал Угедею: «Империя была завоевана верхом на коне, но управлять ею с седла невозможно». Хан выслушал это благосклонно и назначил в 1231 г. Елюя Чуцая чжуншулином, т. е. канцлером, позволив ему проводить свою политическую линию. Она увенчалась успехом. Налоги дали доход, который поверг хана в изумление. Елюй Чуцай получил полное доверие хана и, совместив в своих руках финансовую, судебную и административную власть, превратился в руководителя всей внутренней политики в Китае. Но эта система встретила оппозицию со стороны армии; первое столкновение произошло еще в 1233 г. После долгой и тяжелой осады Субэтэй взял чжурчжэньскую столицу Бяньцзин (Кайфын). Согласно монгольскому закону город, не сдавшийся до того, как были пущены в ход осадные орудия, должен быть вырезан до последнего человека. Эта судьба ожидала жителей Бяньцзина, но Елюй Чуцай доказал, что истребление жителей города нанесет ущерб казне, и представил цифру дохода, который можно получить, пощадив жителей. Угедей согласился с ним.
На деньги, полученные с пощаженного населения, Елюй Чуцай достроил Каракорум, столицу империи, заложенную еще Чингисханом в 1220 г. Для хана был сооружен роскошный дворец, но Угедей предпочитал жить в юрте.
В 1235 г. оказалось, что для продолжения завоевательной политики людские ресурсы Монголии недостаточны. Возник проект использовать мусульманские войска в Китае, а китайские на западе. Елюй Чуцай добился отмены этого проекта, аргументируя тем, что в чужих и непривычных условиях эти войска принесут мало пользы при огромных потерях и что переброски этих войск будут слишком затруднительны. И в этом случае Елюй Чуцай защищал интересы покоренных народов, а не монгольского войска.
По завоевании Китая Угедей обещал своим генералам распределить между ними покоренные земли. Елюй Чуцай предложил вознаградить их не уделами, что наносило ущерб авторитету центральной власти, а деньгами, шелками и драгоценностями.