На основных опорах шасси вместо двух амортизаторов установили по одному. Полотняная обшивка закрылков была заменена металлической. Доработке подверглась кислородная система. Экипаж уменьшили до шести человек. Было увеличено количество топливных баков, установлена противооблединительная система, изменения внесли в состав бортового оборудования, в боекомплект. На первых порах программа В-17 шла трудно и финансировалась почти полностью из собственных фондов фирмы Боинг. Двигатели Райт «Циклон» оказались очень чувствительными к перегреву, из-за чего происходили их многочисленные отказы. В третьем испытательном полете первого YB-17 совпало во времени несколько несуразностей сразу, в результате чего самолет был потерян. Сначала летчик чересчур интенсивно пользовался тормозами на рулении, затем убрал шасси сразу после отрыва самолета, не дав тормозам колес охладиться от набегающего потока воздуха. В результате два двигателя перегрелись, и летчику пришлось вынужденно сажать самолет на заводском аэродроме фирмы Боинг. Однако тормоза колес заклинило – сразу после касания опытный бомбовоз клюнул носом в землю. Никто из находившихся на борту не пострадал, но в Конгрессе решили, что слишком большой бомбардировщик чересчур служен в пилотировании. Конгресс не закрыл программу разработки и испытаний В-17, но выделил ассигнования для закупки партии из 253 бомбардировщиков Дуглас В-18, самолета, официально выигравшего конкурс по циркуляру 35-26 после катастрофы прототипа Боинг модель 299.