8) Чтобы навсегда устранить затруднения, встретившиеся в получении мастеровых из отдельных губерний, поселить близ Николаева не менее 2000 человек, обязанных поочередно заниматься работой в адмиралтействах и содержать себя хлебопашеством.[10]
9) В селе Богоявленском, близ Николаева, построить инвалидный дом, лучший госпиталь, развести аптекарский сад и основать земледельческую ферму по образу английской, из которой можно было бы снабжать флот горохом, фасолью, салом и проч., и производить в ней соление мяса, потому что заготовленное с подряда оказывалось всегда негодным. При всех адмиралтейских слободах садить и сеять леса, особенно дуб.
Ушакову предстояло многое выполнить из того, что обозначено было в этих планах. Однако смерть выдающегося политика и государственного деятеля, преобразователя и строителя южных краев России многое изменила в судьбах Черноморского флота и самого Федора Федоровича. Заслуги перед флотом и Отечеством отодвигались на второй план. Вперед стали выдвигаться соперники и даже враги сиятельного фаворита. 28 февраля 1792 года Черноморскому адмиралтейскому управлению был дан высочайший указ: «С умножением сил наших на Черном море, за благо признали мы оставить на прежнем основании Черноморское адмиралтейское правление, определяя на оное председательствующим нашего вице-адмирала Мордвинова…» Указ был пространный, об Ушакове там ни слова, но смысл его для него был обидным и уязвляющим. Не без сожаления пишется об этом в «Истории Севастополя»: «Таким образом действительный начальник и глава Черноморского нашего флота, гроза турецких сил на Черном море при Потемкине, Федор Федорович Ушаков — состоя в звании только старшего члена Черноморского адмиралтейского правления — поступил к Мордвинову под команду, и, оставаясь, как бы случайно только, старшим начальником севастопольского наличного флота, он по строгому смыслу указа 28-го февраля — где Мордвинову предоставлялось даже производство в чины флотских офицеров — должен был находиться в его безапелляционном повиновении».
Оставалось только стиснуть зубы и неустанно заниматься флотом, боевой выучкой служителей, снабжением экипажей продовольствием, строительством и украшением Севастополя. Именно в этот межвоенный период развернулся Ушаков как замечательный администратор, хозяйственник, строитель. Севастополь при нем становился подлинным городом. Это было удивительно, ибо казна денег не выделяла, все приходилось строить «содействием» флотских экипажей. «Последние в свободное время, за очень скромную добавочную плату, строили то казенные здания, то офицерские дома, то даже свои мазанки — если который-нибудь из матросов имел редкий случай завестись собственным своим семейством, и скоро не только гора, лежавшая на западной стороне южной бухты или гавани, но и другие ближайшие местности и хуторские участки, розданные флотским офицерам… довольно порядочно обстроились: хорошие садики и огороды точно так же появлялись в его окрестностях. Все портовые постройки и самое Адмиралтейство по-прежнему были расположены по берегам Южной и Корабельной бухт. Городские частные здания занимали уже всю севастопольскую гору и сверху того существовали: артиллерийская и корабельная слободки на местностях, ближайших к бухтам того же названия, а в закрытой лощине, находящейся верстах в двух от города и получившей название Ушаковой балки, устроен был сад для общественного гулянья».
Каждое утро раздавал наряды Ушаков командирам строителей на построение домов, посадку садов, возведение складов, где аккуратно выкладывали канаты, парусину, обшивочные доски, припасая, что можно быстро было погрузить на корабли. Тут же наготове была артиллерия. Ушаков продумал план построения казарм на высоких берегах в гаванях так, чтобы моряки могли мгновенно спуститься по объявлению тревоги к своим кораблям, которые ставились напротив. Адмирал Карцов, что инспектировал Черноморский флот в 1797 году, отметил, что казармы «каменные, покрыты черепицею, а иные землею, некоторые достраиваются и все вообще весьма сухи и чисты… Пороховых погребов не имеется, но порох удобно хранится в прибрежных пещерах, нарочно вырытых большею частью в Инкермане».
Ушаков держал порох сухим, он следил за состоянием дел в Оттоманской Порте, вел постоянную разведку, подготовку и обучение экипажей. Мордвинов в силу своего положения отдавал приказы, среди них были толковые и бестолковые. У Ушакова же они все вызывали неприязненную реакцию. Мордвинов язвил, требовал с Ушакова — у Ушакова создавалось впечатление, что тот придирался, мелочил. Ушаков сердился, недоумевал, почему его, победителя турецкого флота, отодвинули и предпочли кабинетному адмиралу. Таковым он считал Мордвинова. Отдушиной была встреча с Суворовым, что тоже волею судьбы, после смерти непрощавшего строптивости Потемкина, получил назначение сюда для укрепления южных границ России.