Остатки армии Макдональда прокрались по побережью к Генуе, англичане проглядели колонны войск французов и их транспорты, перевозившие артиллерию и снаряжение. Новый командующий французов, вдохновенный и талантливый генерал Жубер (Макдональд был отозван в Париж) вступил в бой с Суворовым при Нови. Для Жубера битва закончилась смертью, для французской армии — разгромом. Путь на Генуэзскую Ривьеру был открыт. Суворов, как всегда, в свое стратегическое мышление включил все факторы: военные, политические, экономические и т.д. В его складывающихся в голове планах дальнейшего наступления флот играл важную роль. Здесь, в Италии, происходило знаменитое, вошедшее в историю военного искусства стратегическое и тактическое взаимодействие русской армии и флота. Суворов, как никто, понимал, что на театре военных действий, где имеется морское побережье, флот должен постоянно взаимодействовать с сухопутной армией, а для этого необходимо, чтобы командующий флотом знал все основные задачи, которые решает армия, включал все силы в их решение. Поэтому, едва прибыв в Вену, он посылает письмо Ушакову (23.III.1799 г.), устанавливая с ним постоянную связь. Ушаков также понимал это, постоянно прислушиваясь к громам, идущим из Северной Италии, чутко следил за развитием событий там. По просьбе Суворова для разрыва коммуникаций французов он постоянно посылает крейсировать корабли в Венецианский залив, устанавливает блокаду Анконы. 16 июля А. В. Суворов пишет Ушакову о том, как была взята цитадель Александрия, о трофеях и пленных. А затем рисует панораму дальнейших своих действий. «Обратя теперь виды свои на Геную, выступил я теперь в поход. Мне надлежит осилить некоторыми крепостями; трудности, препоны отнимают у меня довольно времени, как и изготовление к горному походу; провиант и припасы должны быть доставлены на мулах, а после, когда достигнем берегов Ла-Ривьеры, то уже из Ливорны (ежели она за нами устоит) и морем». План его движения ясен. Какую же роль отводит он флоту, эскадре Ушакова? Очень серьезную. Он просит: «От Пониенты к Леванте и паче от берегов Франции ваше превосходительство покорнейше принять попечительные и благоразумные, свойственные вам меры к пресечению ее, дабы оголодить сию распутно-зловредную армию. Извольте знать, что генуэзцы кормятся сами из чужих мест, то есть особливо и в большом виде припасы свои получали они из Африки и Архипелага. Союзные флоты ныне господа моря и легко в том препятствия утвердить могут».
«Господа моря» действовали по-разному. Нельсон, ознакомившись с посланием Суворова, не особенно утруждал свои корабли военными операциями к северу от Неаполя. Ушаков же, получив это письмо 4(15) августа, послал эскадру вице-адмирала Пустошкина для крейсерства «около генуэзских берегов». Сам же Ушаков, уведомляя Суворова об исполнении послания, пишет, что после Палермо «отправляюсь я оттоль с эскадрою к Неаполю и от оного к Генуе или в те места, где польза и надобность больше требовать будут».
Три фрегата под командованием Сорокина направились в Неаполь. Пустошкин из-за встречных ветров двигался медленно и прибыл в Ливорно только 30 августа. Крейсерство русских кораблей продолжалось у Генуэзской Ривьеры, Ливорно, Неаполя до конца 1799 года. Но положение на севере Италии уже изменилось. Правда, Павел I еще находился в эйфории, считая миссию своих войск богоносной, а себя прозорливым политиком, полководцем, которому внимают попавшие в беду императоры, султаны и короли Вены, Константинополя и Неаполя, к которому прислушиваются в Лондоне и на помощь которого они надеются. Да, помощь монархам и Англии от русского союзника была нужна, но его абсолютистское вдохновение им было чуждо, так же, как нередко и методы ведения войны Суворовым и Ушаковым. Единственно, чего они хотели, так это как можно больше урвать от результатов участия России в этих войнах. И довольно долго водили за нос русского правителя.
Суворов был опасен австрийцам тем, что его победы пробуждали национальное самосознание у итальянцев, восстанавливали в правах бывшие североитальянские государства, владения которых хотела себе присвоить Австрия. Ушаков не давал Оттоманской Порте наложить лапу на бывшие, а ныне «бесхозные» венецианские владения. Вот в этих-то захватнических устремлениях венценосных правителей Вены, Константинополя, Неаполя и толстосумов с Темзы и была основа постоянных столкновений Суворова и Ушакова с их военными представителями (не будем при этом забывать и консервативную политику российского царизма).
Итак, 16(27) августа 1799 года Суворов получил приказ Павла I, в котором ему предписывалось покинуть Италию и направиться в Швейцарию. Было в этом приказе все: и неинформированность императора, и стремление предотвратить наступление французов в Альпах, и главное — это ложь австрийцев, которую проглотил Павел, сокрытие ими своих истинных замыслов по овладению Генуей и другими территориями.