Константинопольская конвенция о статуте островов была подписана 21 марта (1 апреля) 1800 года, а до этого Ушаков, конечно, получая указания и пожелания из Зимнего дворца и константинопольского посольства, утверждал на островах новый режим управления. Сложилась парадоксальная ситуация. Самая боевая часть населения, оказавшая союзной эскадре наибольшую помощь, пришла в столкновение с нобилитетом, который себя считал «естественным союзником» российского императора. Будь на месте Ушакова другой русский командующий, вельможа и аристократ, нет сомнения, что ход событий сложился бы по-другому. Адмирал Ушаков был реалист, он отнюдь не исповедовал французскую республиканскую веру, но почувствовал произошедшие изменения в обществе, увидел во второклассных серьезную опору России и во имя эфемерной солидарности с аристократами не считал нужным поступиться принципами и союзными обязательствами.
Как гром среди ясного неба прозвучало для нобилей после освобождения Корфу слово «амнистия». Как амнистия? Кому? Этим «карманьолам», грабителям, зачинщикам бунта? «Да!» — твердо отвечал разумный и спокойный адмирал. Да! — во имя «мира, тишины и спокойствия». Вот чем руководствовался Ушаков, а не предрассудками и стремлением ублажить нобилей за их былые страхи и потери. Русское командование отнюдь не брало сторону «черни», как в один голос запричитали и ионические аристократы, и русские дипломатические представители (вице-консул Загурийский и генеральный консул на Корфу Бенаки). Нет, оно не хотело раздоров и новых кровопролитий. Аристократы же жаждали крови. Трудно отказываются от привилегий в этом мире, мало у кого хватало ума сделать это по своей воле. Лишь буря революции и решительная власть делают это каждый по-своему. Ушаков хотел силой власти подправить несправедливость, очевидную для многих. Избранные объявили войну русскому адмиралу. Он — освободитель Ионических островов, одержавший блистательную победу под Корфу, непререкаемый флотоводческий авторитет — стал ненавистной фигурой для бывших венецианских аристократов, для закоснелых в своих консервативных взглядах подданных Российской империи, — дипломатических представителей.
...Ушаков решительно отверг тактику репрессий. Нет, он принимал «под защиту» нобилей, распускал после взятия крепостей крестьянские отряды, но настаивал в большинстве случаев на прощении тех, кто громил в свое время нобилей. Более того, он не требовал обязательного возвращения ими земли и имущества, захваченного у нобилей. Хватит, считал он, насилия и крови, нужны мир и согласие. «Мы всех бывших в погрешностях по таковым делам простили и всех островских жителей между собой примирили, потому и имения от них или от родственников их отбирать не надлежит».
Нобили захлебнулись от возмущения: «Ну и защитник выискался». А русский адмирал повторял: «За всем тем полагаю — лучше все, что можно, простить, нежели наказать, а особо, чтобы в числе виновных безвинные родственники не страдали».
Так в суровом военном человеке проявился гуманист и сострадатель, реалист и подлинный политический стратег.
На островах один за одним ввели местное самоуправление. На Китире и Закинфе в органы управления вошли и второклассные. Еще один удар по самолюбию и доходам аристократов. На Китире же Ушаков (и по-видимому, не без воздействия полюбившегося ему Дармароса) разрешил крестьянам («мужикам островным») выбирать даже собственных судей. Этого уже не могли понять и русские дипломаты, выразители официальных взглядов Российской империи. Вице-консул Загурийский и генеральный консул Бенаки застрочили письма в Константинополь Томаре и в Коллегию иностранных дел в Петербурге. Бенаки сам, может, и не принадлежа к крайне правому крылу, вначале терпимо отнесся к стремлениям Ушакова ограничить безудержную власть нобилей, но когда он увидел, что адмирал сочувственно относится к крестьянам, его верноподданническое сердце не выдержало. Он начинает пугать российскую Коллегию иностранных дел: «крестьяне считают возможным не платить установленные налоги», ибо «господин адмирал... во время осады обещал им, что их не будут преследовать за все, что они учинили против нобилей, не позволяет их хоть чем-нибудь обременить, чтоб оградить их от мести». А на Корфу, строчит он в Петербург, «крестьяне в открытой войне против нобилей и считают, что не обязаны им повиноваться, так как во время осады Корфу его превосходительство адмирал призвал их послужить общему делу... и после сдачи крепости обещал им амнистию». Да, это был уже донос, вначале, может быть, от испуга, а потом от понимания, что Томара, петербургские дипломаты и Павел I думают так же. Ушаков же не останавливался в своей необычной преобразовательской деятельности. Он активно, даже больше, чем можно было ожидать от командующего эскадрой, включился в дело организации центрального управления и разработки знаменитого «Временного плана» — конституции первого греческого государства.