Цутому Миядзаки родился 21 августа 1962 года в Токио. Его семья жила в престижном пригороде столицы. Они были богатыми, элитой, им принадлежала газета. Его отец, Кацуми Миядзаки, этой газетой управлял. А дед и прадед работали в городской администрации.
До рождения Цутому у Кацуми рождались только дочери. В разных источниках фигурирует информация о том, что жена Кацуми не приходится матерью Цутому, он – плод инцеста. Его отец якобы изнасиловал одну из своих старших дочерей, и та родила ему мальчика. Семья решила сделать вид, что Цутому – сын жены своего отца, которая на самом деле биологически являлась его бабушкой. Это было правдой для всего внешнего мира. После Цутому у супругов родилось еще две дочери.
Мальчик появился на свет недоношенным, значительно раньше срока. Кроме этого у ребенка был врожденный дефект – отсутствовали так называемые лучевые суставы. Это значило, что он не мог вращать ладонями, сгибать их вверх. В Интернете ходит фотография кистей с таким дефектом. Вряд ли это руки Миядзаки, однако представление о том, что это такое, составить можно. Так или иначе, с самого детства для Цутому руки стали предметом стыда и причиной ощущения собственного ничтожества. Позже патология послужит поводом для жесткого буллинга, который он испытывал на себе в школе и дома.
Как можно догадаться, семью Цутому назвать любящей было нельзя. От мальчика просто отмахивались, внимания не обращали. Отец стыдился ребенка из-за дефекта, такой сын ему не был нужен. Сестры над ним издевались, звали крысой и подкладывали ему в комнату мышеловки, в которые он попадал. Для воспитания мальчика был нанят мужчина с задержками в развитии. Единственным близким человеком Цутому был его дед.
Но, несмотря на проблемы дома, в школе Цутому успевал очень хорошо, он был в числе лучших учеников в классе. Миядзаки ходил в престижную школу при университете, причем поступил в нее сам, без поддержки родителей. Те не проявили никакой реакции, не поддержали сына: он один ездил в школу на автобусе каждый день. Мальчик мечтал выучить английский и стать учителем. Но друзей у него не было, он подвергался постоянным издевкам. Чем старше становился Цутому, тем сильнее его буллили. И он ушел в мир воображения, полюбил комиксы, аниме и мангу. Подросток даже придумал и нарисовал своего собственного супергероя – Человека-крысу, Рэтмена. Он так увлекся этим занятием, что школьные оценки стали падать: из 56 учеников класса он занял лишь 40-е место и не поступил в университет.