Несчастный случай заключения в темницу произвел большую перемену в Ефреме. Вместо пламенного, но гневливого, любознательного, но колеблемого сомнениями юноши, Ефрем является смиренным и сокрушенным пустынником, день и ночь оплакивающим свои грехи и с благоговением поучающимся в законе Господнем. Пример святого Иакова довершил духовное образование достойного ученика его. И уже в это время мы видим в Ефреме совершенную покорность путям Промысла и истинно подвижническую твердость в перенесении искушений.
В клире Церкви Низибийской был один человек, также по имени Ефрем [14]. Опасаясь обличения своей преступной связи с дочерью одного из важных граждан Низибийских, он научил соучастницу в грехе, чтобы она, когда сделаются явными следы её преступления, возложила вину на соименного ему Ефрема, ученика епископа, который за свое благочестие уже приобрел себе любовь и уважение других. Наученная девица так и поступила. Когда ей нельзя было более скрывать свой позор, она указала своим родителям, как на виновника своего позора, на преподобного Ефрема. Скоро молва об этом распространилась по городу, и родители девицы вместе со многими другими обратились к епископу с обвинением на ученика его. Святой старец, убежденный в непритворном благочестии ученика, не хотел верить обвинению, не получив признания от самого Ефрема. Ефрем, уже опытом наученный не прекословить судьбам Промысла, наводящего искушения, пал к ногам епископа и сокрушенным голосом сказал: «Действительно, отец мой, я согрешил!» Вскоре после этого отец девицы принес к епископу младенца и при полном собрании клира отдал его Ефрему, сказав: «Вот твой сын, воспитывай его!». Как бы действительно виновный, он с горькими слезами взял младенца и перед лицом всех сказал: «Поистине, отцы мои, я согрешил!» Но Господь, испытав покорность и твердость Ефрема в перенесении искушения, дал ему и средства выйти из испытания со славой, достойной его смирения. Он внушил беспрекословному страдальцу, что его добродетель не должна остаться помраченной в глазах людей, поношением порока, и Сам содействовал обличению виновного. Однажды, когда народ собрался в храм для богослужения, пришел и Ефрем с младенцем и, испросив у епископа позволения взойти на амвон, поднял вверх младенца, и сказал ему: «Заклинаю тебя именем Господа нашего Иисуса Христа, открой истину, скажи, кто твой отец?». Младенец отвечал: «Ефрем, эконом церковный». Три раза сказав это, младенец умер. Тогда со слезами просили прощения у преподобного Ефрема все обвинявшие его, и с этого времени слава о его святости ещё более распространилась.
Святой Иаков, более всех знавший о высоких достоинствах своего ученика, взял его с собой на Первый Вселенский (Никейский) Собор (в 325 году), богомудрое изложение веры которого суждено было защищать Ефрему против лжеучителей [15]. Еще около двенадцати или тринадцати лет он пользовался наставлениями своего епископа. Упражняясь под его руководством в подвигах иноческих, строгим постом и молитвами очищая дух свой, он в то же время прилежно изучал слово Божие, приготовляемый и сам Духом Божиим к высокому служению Церкви в качестве учителя. Как глубоко сознавал он связь между жизнью христианской и знанием слова Божия, передает одно из его поучений: «Природа, — говорит он, — это земля, нами возделываемая; произволение — земледелатель; а Божественные Писания — советники и учители, научающие нашего земледелателя, какие худые навыки ему искоренять, и какие благие добродетели насаждать. Сколь бы ни был наш земледелатель трезвен и ревностен, однако же без учения Божественных Писаний он и не силен и не сведущ, потому что законоположение Божественных Писаний дает ему разумение и силу, а вместе с тем от собственных ветвей своих и благие добродетели, чтобы привить их к древу природы: веру — к неверию, надежду — к безнадежности, любовь — к ненависти, знание — к неведению, прилежание — к нерадению, славу и похвалу — к безславию, безсмертие — к смертности, Божество — к человечеству» [16].
Преподобный Ефрем оставил своего наставника только тогда, когда тот оставил мир. Последнее благодеяние пастыря Низибийского своему городу, оказанное во время нашествия царя Персидского Сапора II, памятью народной так же приписывается и Ефрему, ученику святого Иакова. Царь Персидский, услышав о кончине императора Константина (в 337 году) и рассчитывая на слабость преемников его, вздумал овладеть пограничным укрепленным городом Низибией. Около двух месяцев продолжалась осада; жители начали терять надежду сохранить город. Святой Иаков всех воодушевлял своими молитвами и своими распоряжениями. А ученик его Ефрем, взяв благословение у епископа, взошел на городскую стену и молитвой своей навел на войско персидское множество насекомых. В стане персидском все пришло в безпорядок. И животные и люди не знали, чем защищаться от мучительного действия многочисленных врагов. Сапор принужден был немедленно снять осаду и без успеха возвратиться в свою землю [17].