Нефертити удалилась в северный конец города, где возле караульни располагался ее дворец «Замок Атона», или Хат-Атон. Это был роскошный ансамбль, каждое строение которого, вплоть до птичника, было украшено самыми прекрасными «натуралистическими» фресками, из всех когда-либо обнаруженных в египетских развалинах; на этих изящных картинках дикие голуби мирно сидят в зарослях папируса и зимородки ныряют в воду. Очевидно, в этом дворце жили и три дочери Нефертити; старшая, Меритатон, была замужем за соправителем Эхнатона Сменхкаром. Сам царь настолько подпал под влияние собственных мистических построений, что, лишившись Нефертити, своей женской половины, чья знаменитая тиара так замечательно гармонировала с красной короной Севера, повелел изображать себя на стелах в компании своего соправителя и сводного брата (или брата); подобная двусмысленная подмена иногда рассматривается как доказательство того, что между ними существовала такая же скандальная связь, как между Адрианом и Антонием. Фактически же Эхнатон просто дошел до крайности в своем стремлении воплотить собственный идеальный принцип, согласно которому вечное начало жизни нисходит от Шара к паре, которая сама по себе служит залогом вечного всесилия Шара.
Третья дочь царицы, Анхесенпаатон, выданная замуж за родного отца, когда ей было одиннадцать лет, к шестнадцатому году его правления родила принцессу Анхесенпаатон Ташери, в честь которой на левом берегу реки, около Гермополя, немедленно было сооружено «Опахало Ра». Эхнатон, таким образом, сделал свою дочь будущей потенциальной правительницей Египта.
Осознал ли царь, в конце концов, насколько непримиримая позиция, занимаемая им в последние несколько лет, ускорила его падение? Формальное введение Сменхкара в должность, вероятно, происходило не в Фивах, а в Ахетатоне, поскольку коронационный зал к югу от большого дворца Эхнатона был сооружен специально для этого случая. Соправитель получил новое имя – Анхепруре. Не тогда ли старший царь отправил его в поездку по стране, чтобы попытаться хоть как-то восстановить свою утраченную отчасти власть? Доказательств, подтверждающих эту точку зрения, мало, кроме того факта, что в Мемфисе Сменхкар воздвиг храм в честь бога Атона.
Весьма немногочисленные документы, в которых упоминается имя Сменхкара, не дают почти никаких сведений об амарнском семействе. Остается только предположить, основываясь на винных кувшинах с его именем, что Сменхкар первую часть своего трехлетнего совместного правления провел в северном дворце. К тому времени разрыв с царицей Нефертити был еще неполным, и некоторые исследователи говорят, что она скрыла свою неприязнь к новому соправителю и попыталась убедить его отправиться в Фивы, где подготавливалось его убийство. Однако это только предположения.
Несомненно, однако, что два соправителя Тель-эль-Амарны пытались упрочить отношения с Фивами. Была ли это отчаянная попытка примирения с духовенством династического бога? Или же Сменхкар старался таким образом сделать свои права на трон более весомыми по сравнению с притязаниями Тутанхатона? В любом случае некое примирение с Фивами было достигнуто, о чем свидетельствует существование храма (возможно, заупокойного), воздвигнутого в честь Сменхкара, о котором говорится в надписи на фиванской гробнице Пере, датированной третьим годом правления Сменхкара, и ссылки на молитвы, обращенные к Амону, в этом храме. Скульптурная группа, изображающая Сменхкара и Меритатон, фрагмент которой находится в Лувре, по всей видимости, относится к данному периоду. На голове правителя хорошо сохранившийся «немеет», «головной убор Осириса», который исключает возможность того, что подобное изображение предназначалось для еретического города.
Однако временное пребывание Сменхкара в Фивах (если оно и имело место) не помешало ему поклоняться Атону, ибо он сохранил титул Нефернеферуатон, «единственный возлюбленный Ра», который, как мы знаем, прежде был закреплен за самой царицей Нефертити.