Так получилось, что главные группировки белой Народной армии действовали на казанском направлении против 5-й армии, и в районе Перми — против 3-й. Последнее вообще ни в какие каноны стратегии не вписывалось, жизненно важных центров у большевиков там не было. Зато это был кратчайший путь соединения с англичанами, сидевшими в Архангельске. А через порты Архангельска и Мурманска можно было эвакуировать на родину чехословацкий корпус, солдат и офицеров которого не очень прельщал долгий путь до Владивостока и оттуда — почти кругосветное путешествие морем. Потому-то только в наступлении на Котлас и Вятку, в направлении вожделенных северных портов еще можно было в перспективе использовать чехословацкие части. «Чехословацкий фактор» заставлял самарский Комитет Учредительного собрания и его преемницу — Уфимскую Директорию, созданную в конце сентября, — концентрировать свои силы на севере, тогда как Красная армия основной удар наносила в центре. Войскам Тухачевского выпала судьба освободить от белых не только родной город Ленина Симбирск, которому скоро суждено было стать Ульяновском, но и столицу Комуча Самару, взятую 8 октября концентрическим ударом. Вскоре войска Директории оставили и Уфу. Антисоветские силы на Востоке оказались в состоянии глубочайшего кризиса.
Но Тухачевскому в тот раз не довелось стать освободителем Урала и Сибири. Его перебросили на Южный фронт против казачьей армии атамана П. Н. Краснова. Она уже потерпела поражение под Царицыном, и командование Красной армии рассчитывало в первую очередь добить Донскую армию, а затем разгромить союзную ей Добровольческую армию генерала Деникина. 15 декабря 1918 года Ленин требует от Реввоенсовета Республики: «Ничего на запад, немного на восток, всё (почти) на юг». А вот после казавшегося близким и реальным разгрома донцов и добровольцев открывались возможность быстрого продвижения в области, оставляемые капитулировавшими в Компьене немцами, и надежда принести на красноармейских штыках мировую революцию в Западную Европу.
Последние дни пребывания Тухачевского в 1-й армии омрачились конфликтом с ее комиссарами. Михаил Николаевич, как и подавляющее большинство командующих, не очень-то жаловал комиссаров. Считал, что таких, как он, командармов-коммунистов, члены Реввоенсовета не должны стеснять ни в конкретных оперативно-стратегических решениях, ни в приказах по кадровым вопросам и повседневной жизни боевых и тыловых частей. Комиссары, понятно, думали иначе. Кроме того, Тухачевский часто приглашал к себе родных, чтобы подкормить в голодное время за счет армейских запасов. У него по несколько месяцев гостили мать и сестры, да и жена постоянно сопровождала командарма. Всё это членов Реввоенсовета порядком раздражало. Тухачевскому же не нравилось, что комиссары вмешиваются в его распоряжения и добиваются отмены отданных приказов. В конце декабря 1918 года, уже имея на руках предписание вступить в должность помощника командующего Южным фронтом, командарм 1-й добился отзыва из армии комиссара С. П. Медведева, что повлекло череду рапортов-доносов со стороны политработников, принявших сторону своего коллеги.
В частности, комиссар 20-й Пензенской дивизии Ф. И. Самсонович в январе 19-го писал не только Реввоенсовету Восточного фронта, но и председателю ВЦИК Я. М. Свердлову: «Считаю своим революционным долгом дать объективную оценку работе тов. Медведева, как своего предшественника в Пензенской дивизии. В начале августа прошлого года нас около 40 человек коммунистов прибыло на Восточный фронт из Петрограда. В Пензе нас встретил тов. Медведев… Это был, кажется, не комиссар дивизии, а солдат, побывавший в окопах без перерыва несколько месяцев, весь в пыли, в изношенной солдатской шинели, загорелый, лицо осунувшееся, сосредоточенное… Тов. Медведев почти все время находился на передовых позициях, среди красноармейцев… Невольно приходит в голову сравнение первой встречи с Медведевым и Тухачевским, который приехал в вагон-салоне с женой и многочисленной прислугой, и даже около вагона, в котором был Тухачевский, трудно было пройти, чтобы кто-либо не спросил из прислуги Тухачевского: "Ты кто? Проходи, не останавливайся!"… Я могу сказать лишь одно: если у нас было бы больше таких работников, как Медведев, то наша армия была бы во много раз крепче и сильнее, чем в настоящее время».