Управление кораблем было переведено в центральный пост, из которого, однако, нельзя вести наблюдений за обстановкой боя и неприятелем. А после выхода из строя «Александра III» на «Бородино» легла еще забота вести всю русскую эскадру. Вступивший в командование броненосцем капитан 2-го ранга Макаров должен был находиться или на батарейной палубе, или в одной из башен и оттуда наблюдать за боем и по переговорной трубе отдавать приказания в центральный пост, находящийся внутри броневой коробки, прикрывающей самые жизненные части корабля. Только оттуда все распоряжения передавались другим офицером по остальным отсекам броненосца… Такой способ управления кораблем был медлителен и ненадежен. Собственные залпы, разрывы неприятельских снарядов, приказания других лиц, стоны раненых – все это путало приказания и мешало их передаче. Время от времени и сама передача приказаний прерывалась. Очередное попадание выбивало из строя офицера, исполняющего обязанности командира броненосца. Подыскивался новый офицер. Пока он не вступил в командование, броненосец шел вслепую и управлялся офицером в центральном посту по инерции. Но это уже случилось в последней фазе боя этого тяжелого дня. После первого перерыва в бое броненосцем еще командовал капитан 2-го ранга Макаров. И им было принято решение, не вызывавшее сомнений: лечь снова на курс, ведущий во Владивосток.
Русская эскадра шла на этом курсе уже в течение 25 минут. Продержись туман дольше или поверни русская эскадра несколько позднее, то, может быть, повторная встреча обоих флотов произошла бы несколько позже, и сумерки успели бы прикрыть русские броненосцы. Японский броненосный флот, идущий в двух колоннах на ост-норд-ост, заметил в 3 часа 40 минут на расстоянии 35 кабельтовых русский флот, уходящий на север. Линия русских броненосцев постепенно нагоняла «Суворов», все еще продолжавший упорно идти в одиночку на север, после того как он два раза был один под огнем половины японского флота и отразил минную атаку.
Противники возобновили артиллерийскую дуэль, когда «Суворов» находился между двумя сближающимися курсами обеих эскадр. Японский флот придерживался прежней тактики: сближаться и нажимать на голову русской эскадры. Русские броненосцы постепенно склонялись к востоку, и в 4 часа 5 минут лежали на курсе ост. Согласно японским сведениям, дистанция боя якобы опять уменьшилась на 11 кабельтовых, но русские артиллеристы это отрицают. Согласно английской официальной истории боя, эта дистанция относилась только к одному русскому кораблю, а именно к непобедимому «Александру III», который упорно отвечал из всех орудий, способных стрелять, являя собой «непревзойденный пример жертвенного героизма».
Русская линия склонилась снова к югу, но адмирал Того не последовал за ней, а снова выполнил тот же маневр, что и час тому назад. Он сам с броненосцами повернул «все вдруг» на север, а эскадра Камимуры продолжала свой бой с русской эскадрой, уходящей на юг. Для защиты своего поворота Того снова бросил в минную атаку на этот раз 4 миноносца, которые атаковали идущий между кильватерными колоннами обоих флотов «Суворов». Отражению этой атаки на доблестный «Суворов» помогали концевые корабли русской линии.
В 4 часа 20 минут оборвался боевой контакт между русской эскадрой и броненосными крейсерами адмирала Камимуры. Боевое соприкосновение с японскими броненосцами под начальством адмирала Того прекратилось еще раньше.
Вторая фаза боя длилась только 40 минут, а вместе с первой фазой сражения стрельба продолжалась 1 час 56 минут. Во время второго периода битвы на русской стороне был сильно поврежден броненосец «Сисой Великий». В 4 часа на нем взметнулись высокие языки пламени, и броненосец, выйдя из строя, повернул обратно, пока не присоединился к шедшим сзади крейсерам. После его выхода из строя «Александр III» сомкнул строй и занял третье место в эскадренной линии.
На «Наварине», этом корабле странного вида, так как его четыре трубы были расположены не в ряд, а по углам квадрата, была сбита одна труба, отчего вид броненосца стал еще несуразнее, точно у него была подбита скула и выбита одна сторона челюсти. Котлы броненосца потеряли тягу, ход уменьшился, и «Наварин» сильно отстал. В образовавшуюся брешь в строю русской эскадры зашел третий броненосный отряд, находившийся под командованием контр-адмирала Небогатова. Последний мателот третьего отряда, «Адмирал Ушаков», увидев бедственное положение «Наварина», осыпаемого японскими снарядами, застопорил машины и, прикрывая «Наварин» своим корпусом, открыл интенсивный огонь по неприятельским кораблям.
Командир «Наварина» капитан 1-го ранга барон Бруно Александрович Фитингоф, справившись с креном и пожаром, крикнул в мегафон командиру «Ушакова» капитану 1-го ранга Миклухо-Маклаю:
– Спасибо, Владимир Николаевич. Иди вперед с Богом!