Как верховный комиссар американской зоны в Германии Макклой согласился обеспечивать прикрытие многих агентов ЦРУ, в том числе - Лоуренсаде Новилля. Являясь официальными сотрудниками его администрации, агенты тем не менее были неофициально подотчётны своим руководителям в Вашингтоне. Последние едва ли обязаны были информировать Макклоя, чем на самом деле они занимаются. Будучи политически проницательным, Макклой, вступая в должность, рассматривал неизбежную заинтересованность ЦРУ Фондом Форда с практической точки зрения. На опасения некоторых представителей фонда, считавших, что его целостность и независимость подрывается участием в делах ЦРУ, Макклой отвечал тем, что, если они перестанут сотрудничать, ЦРУ просто проникнет в фонд, незаметно завербовав или заинтересовав персонал низшего звена. В качестве решения этой проблемы Макклой предлагал создать в рамках Фонда Форда административное подразделение специально для работы с ЦРУ. Когда Управлению нужно было использовать фонд либо в качестве канала, либо в качестве прикрытия, оно должно было советоваться по этому вопросу с комитетом в составе трёх человек, возглавляемым Макклоем и двумя сотрудниками фонда. «Они должны были быть зарегистрированы именно в этом комитете и, если это предложение было разумным и не шло вразрез с долгосрочными интересами фонда, проект следовало передать далее на рассмотрение штатных сотрудников и другого персонала фонда, не знающих о происхождении предложения» [296], - пояснял биограф Макклоя Кай Бёрд (Kai Bird).
С этим аргументом Фонд Форда официально присоединился к ЦРУ в его политической войне против коммунизма. Архивы фонда свидетельствуют о множестве совместных проектов. Восточно-Европейский фонд (The East European Fund), действовавший в качестве прикрытия ЦРУ, в котором Джордж Кеннан играл заметную роль, получил большую часть своих денег от Фонда Форда. Фонд налаживал тесные связи с Издательским домом им. Чехова, получившим 523 тысячи долларов США от Фонда Форда на покупку запрещённых русских произведений и переводов западной классики на русский язык. Фонд выделил 500 тысяч долларов США Международному комитету спасения Билла Кейси (International Rescue Committee) и предоставил солидные гранты другой ширме ЦРУ - Всемирной ассамблее молодёжи (The World Assembly of Youth). Кроме того, это был один из самых крупных доноров Совета по международным отношениям (Council on Foreign Relations), научно-исследовательского центра, который оказывал огромное влияние на американскую внешнюю политику. Он действовал (и продолжает действовать) согласно строгим правилам конфиденциальности, которые включают двадцатипятилетний запрет на разглашение его записей.
За счёт значительного гранта, полученного от Фонда Форда, Институт современного искусства (The Institute of Contemporary Arts), основанный в Вашингтоне в 1947 году, расширил свою международную программу в 1958-м. В работе совета попечителей Института современного искусства (ИСИ) принимал участие Уильям Банди (William Bundy), член Национального совета по оценкам (Board of National Estimates) ЦРУ и зять бывшего госсекретаря Дина Эйчесона. Его брат МакДжордж Банди (McGeorge Bundy) стал президентом Фонда Форда в 1966 году, прямо с должности специального помощника президента по вопросам национальной безопасности, что свидетельствует, кроме прочего, о контроле со стороны ЦРУ. Щедрые пожертвования фонда получили Герберт Рид, Сальвадор де Мадариага, Стивен Спендер, Аарон Копланд, Исак Динесен (Isak Dinesen), Наум Габо (Naum Gabo), Марта Грэхем (Martha Graham), Роберт Лоуэлл, Роберт Пени Уоррен (Robert Perm Warren) и Роберт Ричмен (Robert Richman). Все они были членами Конгресса культурных лидеров ИСИ. Это, по сути, являлось продолжением работы Конгресса за свободу культуры. Он и без того был одним из крупнейших получателей фантов. Только в начале 1960-х годов ему достался грант на семь миллионов долларов США.
Одним из самых первых сторонников Конгресса за свободу культуры в ЦРУ был Фрэнк Линдси, которому де Новилль докладывал о начале подготовки к тайному совещанию в Берлине в 1950 году. Линдси был ветераном УСС. В 1947 году он написал один из первых меморандумов, в котором рекомендовал США создать подразделение по секретным операциям для ведения холодной войны. Документ привлёк внимание Фрэнка Уизнера, пригласившего его проводить европейские операции в УКП. Как заместитель начальника УКП (1949-1951) Линдси отвечал за судьбу групп, «осевших» в западной Европе. В 1953 году он примкнул к Фонду Форда, откуда поддерживал тесный контакт со своими коллегами в разведсообществе.