В результате всей этой деятельности коммунистическому движению в Соединённых Штатах был нанесён серьёзный урон, однако достигнуто это было за счёт явного нарушения гражданских прав и свобод. При этом, как мы сегодня знаем, реальной угрозы прихода к власти местных «большевиков» по российскому сценарию в те годы в США не было.
На протяжении 1940-х — 1960-х гг. ФБР не стеснялось регулярно нарушать американские законы, проводя «негласные обыски», осуществляя незаконное прослушивание телефонных переговоров, перехват корреспонденции и организуя разного рода провокации. Особенно широкий размах подобная деятельность получила после того, как в 1956 г. начал приводиться в исполнение проект «Коинтелпро» (Cointelpro — сокращённое от «Counterintelligence program», то есть «Контрразведывательная программа»).
28 августа 1956 г. директор ФБР Гувер направил группе высших руководителей своего ведомства, занимавшихся вопросами контрразведки и внутренней безопасности, секретный меморандум, в котором проинформировал их о принятии нелегальной программы действий, направленной на то, чтобы снизить потенциал Компартии США и её влияние на массы. Сразу вслед за этим Гувер отдал второе секретное распоряжение — начальнику секции внутренней безопасности Алану Белмонту и начальнику управления контрразведки Л.В. Бодмэну, в котором этим двум подразделениям предписывалось сотрудничать в новой «контрразведывательной программе», направленной против Компартии.
Что же представляла собой данная «контрразведывательная программа»? За этим благозвучным и обтекаемым названием скрывался целый комплекс мер, призванных разложить «врагов демократии» изнутри, таких, как распространение провокационных слухов, клеветы, подложных документов, фальсифицированных фотографий, провоцирование конфликтов как внутри партии, так и с представителями других оппозиционных существующему строю организаций и т. д., вплоть до организации замаскированных убийств.
К примеру, ФБР пыталось с помощью различных интриг натравить на Компартию США мафию. Такая операция под кодовым названием «Обман» проводилась в 1966–1968 годах Нью-Йоркским региональным офисом ФБР с санкции Гувера и специальной координационной группы, руководившей всеми программами «Коинтелпро» против коммунистов.
Однако, как показали дальнейшие события, Компартия США стала первым, но отнюдь не единственным клиентом «Коинтелпро».
12 октября 1961 г. в секретном меморандуме, направленном высшим руководителям ФБР, Гувер объявил о распространении действия «Коинтелпро» на все другие левые группы и оппозиционные движения, которые, как было сказано в документе, «в последние несколько лет открыто пропагандируют свою линию на местном и общенациональном уровнях путём выдвижения кандидатов на выборные должности, выступают в поддержку или руководят кампаниями в защиту Кубы и Фиделя Кастро или в поддержку интеграционных процессов на Юге США».
Сразу после этого начались операции против Социалистической рабочей партии (СРП) — основанной в 1938 г. малочисленной (в период расцвета насчитывала около 3 тысяч членов) организации, придерживавшейся троцкистских взглядов. Против её активистов агенты ФБР устраивали разнообразные провокации. В частности, в газеты направлялись анонимные заявления, что они — развратники, алкоголики, в Налоговое ведомство сообщили, что они мошеннически скрывают доходы, нарушают законы о социальном страховании. Один из членов СРП — преподаватель философии университета штата Аризона — был обвинён в неблаговидных поступках, несовместимых с его положением педагога. Через секретных агентов, засланных в СРП, ФБР инспирировало внутренние раздоры, личные и иные конфликты между её активистами и другими общественными организациями.
25 августа 1967 г. во все региональные офисы ФБР было направлено указание Гувера о распространении действия программы «Коинтелпро» на леворадикальное крыло движения американских негров. В первую очередь это касалось организации «Чёрные пантеры».
Следует отметить, что, несмотря на претенциозное название, показной экстремизм и склонность к театральным эффектам, «Чёрные пантеры» даже в то время не представляли реальной угрозы безопасности США. Это была малочисленная организация негритянской молодёжи, в которой по самым оптимистическим подсчётам никогда не насчитывалось более 2000 человек, к тому же рассеянных по всей стране. Из них лишь 500 или около этого могли расцениваться как реально участвующие в жизни организации, причём деятельность последней заключалась, в основном, в словесной риторике.
Тем не менее, именно «Чёрные пантеры» стали основными «клиентами» ФБР среди негритянских организаций. Согласно опубликованным позднее данным, против них было проведено 233 акции «Коинтелпро», что составило около 70 % общего числа всех операций ФБР по линии борьбы с «чёрными националистами». Сектантство «Чёрных пантер», неумелая игра в конспирацию их отдельных лидеров облегчили ФБР внедрение своей агентуры и организацию многочисленных провокаций с тяжёлыми последствиями.