Помпей завершил свою миссию, разобравшись с Сирией. Антиох XIII, для которого Лукулл в 69 году до н. э. восстановил селевкидскую монархию, не мог избежать разлагающего действия династических распрей: его двоюродный брат Филипп И, отстраненный от власти в 83 году до н. э. в пользу Тиграна, потребовал свое царство, оспариваемое теперь двумя претендентами, которых поддерживали арабские вожди, воспользовавшиеся уходом Тиграна, чтобы расширить свои владения в Сирии. Филипп погиб во время мятежа, царство досталось Антиоху. Помпей, отправившись в Сирию в 64 году до н. э., собирался укрепить безопасность страны, имевшей с Парфянским царством общую границу, проходящую по Евфрату. Он сомневался в способностях Антиоха XIII поддержать порядок в регионе, охваченном внутренней анархией, и отказался утвердить его как главу государства. Антиох отправился искать убежища у своего арабского покровителя, который избавился от него, приказав его убить. Так бесславно угасла эта династия, и Помпей в том же 64 году до н. э. превратил Сирию в римскую провинцию. Таким образом завершилась история селевкидской монархии, подобно тому как ранее это произошло с Антигонидами в Македонии или с монархиями в Пергаме, Вифинии и Понте, словно бы превращение в провинцию, управляемую непосредственно Римом было роковым финалом этих эллинистических государств.
Создавая провинцию Сирию, Помпей тем не менее не ввел там единой администрации: греческие полисы, постепенно укреплявшие свою автономию, сохранили свои привилегии, о чем свидетельствует выпуск ими собственных монет. Евреи, разделенные династическими спорами, вынудили Помпея к военному вторжению в Иерусалим: он упразднил независимое еврейское царство, оставив лишь структуру еврейской общины с этнахом, которым стал прежний царь. Набатейские арабы Петры продолжали откупаться серебром ради сохранения своей независимости. В Иерусалимском храме Помпея поразило отсутствие изображений бога. В это время он узнал о смерти Митридата; оставив управление Сирии наместнику новой провинции, он вернулся в Понт, где завершил свою задачу организатора завоеванных территорий. Он принял там останки Митридата, которые передал ему Фарнак и которые были захоронены в Синопе с царскими почестями. В конце 62 года до н. э. он вернулся в Италию после пяти лет отсутствия, где был встречен с невиданным триумфом, как победителя «над всем миром»,
Единственный уголок эллинистического мира до сих пор избегал влияния Рима: лагидское царство, ослабленное династическими распрями и внутренними конфликтами, но все еще богатое ресурсами, которые предоставляла плодородная долина Нила. Его вхождение в римский мир произошло в связи с борьбой, которая противопоставила друг другу двух амбициозных римских военачальников и следствием которой стал конец Республики: их соперничество было в то время главной движущей силой истории, где ведущая роль личности в греческих традициях была сыграна поистине замечательной женщиной — великой Клеопатрой. Она стала связующим звеном между последними эпизодами завоевания.