30 июля 1918 года Циолковский обратился с письмом в созданную в Москве Социалистическую академию общественных наук с просьбой принять его в члены-соревнователи. Ученый сообщил, что его философско-социологические выводы и обобщения во многом совпадают с идеологией нового мира и прогнозами по его дальнейшему совершенствованию. О себе написал: «Теперь получаю пенсию в 35 рублей и не умираю с голода только потому, что дочь служит (в местном продовольственном отделе) и получает 270 рублей». Так Константина Эдуардовича неожиданно для него самого избрали академиком и почти целый год он получал жалованье в размере 300 рублей. Ему даже предложили переехать в Москву, но он отказался. «Моя тяжелая для меня, несносная для других — глухота, старость, болезненность, отощалость от голода, семья из четырех человек, делают пока мое пребывание в Москве положительно губительным», — писал Циолковский 12 сентября 1918 года. В следующем году его звание академика, как того требовал устав Социалистической академии, не было подтверждено. По всей видимости, предложение Циолковского написать для России и всего мира Общечеловеческую конституцию уже не соответствовало более узким и прагматическим задачам, стоявшим перед Социалистической академией в разгар Гражданской войны.
17 ноября 1919 года К. Э. Циолковский был арестован Калужской ЧК и препровожден под конвоем для допроса в Москву на Лубянку. Сохранился рассказ ученого о причинах случившегося:
«Я долго переписывался с летчиком из Киева — Федоровым А. Я. (…) Он выказал большое участие к моему аэронату. Вот он по своему легкомыслию и безо всякого основания написал третьему лицу, что я могу указать ему на лиц, знакомых с положением дел на Восточном фронте. Это письмо попало в Московскую Чрезвычайную Комиссию. Оттуда приехали двое и произвели у меня обыск. Конечно, нельзя было найти, чего у меня не было, но меня все же арестовали и привезли в Москву без всяких улик. Через две недели (…) на меня обратили внимание и, разумеется, не могли не оправдать. (…) Заведующий Чрезвычайкой очень мне понравился, потому что отнесся ко мне без предубеждений и внимательно».
Главное читается между строк. Не так давно отброшены войска белой армии, рвавшиеся к Москве. Не до конца ликвидировано контрреволюционное подполье. ЧК перехватило письмо деникинского лазутчика, получившего разведывательное задание в тылу Красной армии. Циолковский этого белого шпиона знать не знал и в глаза никогда не видел. Но письмо адресовано ему, а он и без того на примете у новой власти как человек, высказывавший независимые суждения и занимавшийся какими-то не вполне понятными изобретениями. ещё в феврале того же 1919 года Циолковский отправил в штаб Южного фронта пачку своих брошюр и письмо с предложением построить металлический дирижабль для нужд армии и решения транспортных задач. Дабы ускорить реализацию проекта и для преодоления неизбежной бюрократической волокиты, старый ученый готов был отправиться на фронт и просил только дать ему проводника и выдать солдатское обмундирование.
На Южный фронт Циолковский так и не попал, а вот на Лубянке отсидел целых две недели. Позже он рассказал А. Л. Чижевскому о своих злоключениях. Особенно ему запомнилась холодная полутемная одиночка с прикованной к стене кроватью и то, что тюремная кормежка оказалась лучше, чем на воле. Допросы были изнурительными, разрушающими ум и душу. Чекисты пытались выяснить политические пристрастия калужского ученого, особое подозрение почему-то вызвала его борода, якобы наводящая на мысль о принадлежности к партии эсеров. На что Константин Эдуардович резонно заметил: большевистские вожди (включая и руководителя ЧК) также почти все бородатые (о Марксе же и Энгельсе вообще говорить не приходится).
Когда лубянские чекисты поинтересовались политической платформой допрашиваемого, тот заявил, что знает только железнодорожные платформы, а о политических платформах ничего не слыхал. Но дальше Циолковский сумел перехватить инициативу: «Я надеялся, что с приходом большевиков моя научная деятельность получит поощрение и подкрепление, так как все мои труды я отдаю народу. Я всю жизнь работал, не разгибая спины… Как вы думаете, для чего я работал? Для обогащения? Нет, я всегда был бедняком, жил с семьей в голоде и холоде, за мои сочинения и изобретения меня все ругали и ругают, потому что я в своих трудах опередил развитие техники лет на сто, а то и больше. Вы понимаете, что значит: