По его мнению, существовавшая в русской Церкви форма этого управления введена была без соблюдения необходимых канонических условий. Далее, рассмотрев те основания, которые приводились для оправдания церковной реформы Петра Великого, П. В. Тихомиров делал вывод, что «приговор об их каноническом достоинстве приходится дать отрицательный». Более того, профессор заявил, что светская власть в России провозгласила принцип своего верховенства над Православной Церковью и de facto захватила в свои руки ее высшее управление. А этот захват Церковь не одобрила и не признала. Следовательно, свое «теперешнее» (то есть синодальное) состояние Церковь могла признавать только временным. В петровской синодальной системе, писал П. В. Тихомиров, решительно нечем дорожить, а стремление к ее реформе необходимо приветствовать, возродив в церковной жизни господство «канонической соборности».
Впрочем, помимо публицистических статей, в которых резко критиковалось антиканоническое положение Православной Церкви и предлагались меры по решению церковного вопроса, тогда же увидела свет и апологетическая брошюра барона А. А. Икскуля «Отношения государства к религии». Можно предположить, что заинтересованной стороной в издании брошюры выступала светская власть, ибо проводимые Икскулем мысли должны были доказать одну «непреложную» истину: реформа Петра Великого
«Едва ли можно сомневаться в правильности вывода, — писал А. А. Икскуль, — что, воспрещая в деле религии все, что государству вредит, правительство не должно, однако, установлять при этом стеснений, не вызываемых действительною, безусловною необходимостью». При этом он подчеркивал, что духовенству не следует обладать государственной властью, точно так же как и последней не следует претендовать на непосредственное церковное управление. Автор много говорил о вреде принудительных мер в области религии, стараясь проиллюстрировать это доказательствами, взятыми не из российской, а из европейской практики. После такого экскурса барон специально остановился на религиозных проблемах, существовавших в России, указав, что «нигде в мире не существует, кажется, такой живой связи между государством и Церковью», как в нашей стране.
Казалось бы, должен последовать разбор последних публикаций, в которых анализировались церковно-государственные отношения и церковная реформа Петра Великого. Но автор поступил иначе. Понимая, что лучшая оборона — это нападение, барон заявил, что русская государственная власть совершенно правильно поступила, упразднив патриаршество, поскольку оно «стремилось подняться на царскую высоту и могло бы, в своих отношениях к непосредственным и прямым государственным задачам, присваивать себе те же нежелательные вмешательства в них и соперничества, которыми отличается папство». В этих словах слышны отголоски «Духовного регламента» Феофана Прокоповича, писавшего в начале XVIII в. о вреде патриаршества по причине непонимания простым народом отличий духовной власти от самодержавной. По существу, А. А. Икскуль вновь популяризировал старый тезис: самодержавие не терпит двоевластия.
Однако Икскуль позволил себе и более серьезный разбор проблемы, полагая желательным расширение свободы веры до свободы совести. По мнению автора, это не привело бы к отпадению православных в католицизм или протестантизм, но ослабило бы переход православных в русские расколы, «совпадающие с русским характером и настроением». Иллюстрировал сказанное пример старообрядцев, численность которых не уменьшалась из-за законодательных воспрещений. В качестве доказательств из новейшей литературы А. А. Икскуль использовал только газету «Гражданин».
Это было не случайно. Барон признавался в конце своего труда, что при его составлении руководствовался высочайшим повелением «укрепить неуклонное соблюдение властями, с делами веры соприкасающимися, заветов веротерпимости, начертанных в Основных законах империи Российской, которые, благоговейно почитая Православную Церковь первенствующей и господствующей, предоставляют всем подданным нашим инославных и иноверных исповеданий свободное отправление их веры и богослужения по обрядам оной».