XX в. начался для Русской Церкви с трагического, но давно назревшего и религиозно оправданного шага: определением Святейшего Правительствующего Синода от 20–22 февраля 1901 г. за № 557 об отлучении Л.Н. Толстого. О необходимости такого шага в церковных кругах и среди православной общественности России говорили давно, но решиться на это было непросто: любое (даже оправданное) действие, направленное против великого писателя, имело огромный резонанс не только в России, но и в мире. Однако Толстой, задолго до 1901 г., поставил себя во враждебные отношения к Церкви и ее учению. «Последней каплей», переполнившей терпение иерархов, стало, как считается, издание романа «Воскресение», в котором писатель резко (и не в первый раз) высказывался против основных постулатов православной веры и «официального» христианства. В синодальном определении указывалось, что лжеучение Толстого – «противохристианское» и «противоцерковное». Иерархи заявляли, что великий писатель посвятил «свою литературную деятельность и данный ему от Бога талант на распространение в народе учений, противных Христу и Церкви, и на истребление в умах и сердцах людей веры отеческой, веры православной». Определение гласило, что «Церковь не считает его своим членом и не может считать,
В ноябре 1901 г. в Петербурге, с разрешения высшей церковной власти и при «молчаливом попустительстве» обер-прокуратуры Св. Синода, были открыты Религиозно-философские собрания (РФС). Именно тогда впервые русские интеллигенты-«богоискатели» лицом к лицу встретились с представителями Православной Церкви – «для свободного обсуждения вопросов Церкви и культуры». Выдающийся богослов протоиерей Георгий Флоровский считал, что собрания знаменовали собой преодоление «шестидесятых годов» (т. е. нигилизма и безбожия) и возврат к вере. Председателем РФС, по благословению столичного митрополита Антония (Вадковского; 1846–1912), стал ректор Петербургской Духовной Академии епископ Сергий (Страгородский; 1867–1944, будущий Святейший Патриарх Московский и всея Руси). Просуществовавшие около полутора лет, собрания стали вехой в истории Православной Российской Церкви Синодального периода, доказав, что богословски просвещенные православные клирики и миряне глубоко заинтересованы в разрешении церковно-общественных вопросов и не менее, чем «богоискательски» настроенная интеллигенция, желают религиозного возрождения на основе соборности. На заседаниях РФС обсуждались отношения Церкви к интеллигенции, вопросы о Л.Н. Толстом, о свободе совести, о соотношении духа и плоти, о браке, о догматическом развитии и т. п. Всего прошло более двадцати заседаний. Разумеется, на многое участники смотрели с диаметрально противоположных позиций (по словам писателя Д.С. Мережковского, «соединения Церкви с миром не удалось»), но первый шаг по преодолению отчуждения интеллигенции и представителей Церкви был сделан. «Богоискатели» чем дальше, тем больше позволяли себе критиковать российскую «симфонию властей», порой высказывая мнения, воспринимавшиеся православными клириками и богословами как еретические. Постепенно РФ С превращались в политический клуб. Разумеется, в тех условиях обер-прокуратура Святейшего Синода не могла оставаться безучастной – в апреле 1903 г. многолетний руководитель духовного ведомства (в 1880–1905 гг.) Константин Петрович Победоносцев (1827–1907) настоял на запрете собраний. Однако их идеи оказались все-таки весьма плодотворными для Церкви, ибо они содействовали пониманию здоровыми ее силами того очевидного факта, что «и в Церкви должен был начаться подъем, и не только пробуждение пастырского внимания к культуре, но и духовной заинтересованности в богословской культуре и культурности… Того и другого требовала сама жизнь, логика истории, логика событий» (прот. Георгий Флоровский).
Впрочем, это стало ясно в те же годы, когда церковная общественность стала вновь серьезно говорить о необходимости церковной реформы и восстановлении канонического строя церковного управления.