После начала правления Николая II, когда стало ясно, что главной загородной резиденцией царя станет Александровский дворец Царского Села, там началось создание инфраструктуры 1-го Железнодорожного батальона. В 1895 г. для приема императорских поездов построили станцию «Царский павильон», от которой до резиденции Николая II в Александровском дворце было всего около километра.
Поезда шли через станцию Александровская и прибывали в село Большое Кузьмине, где и находился «Царский павильон». В 1899 г. начались работы по сооружению
Поблизости от «Царского павильона» построили казармы и служебные помещения 1-го Железнодорожного батальона. От вокзала до Александровского дворца проложили шоссе. Железнодорожное движение по «Собственной» ветке началось в 1902 г. По ней в Царское Село отправлялись члены императорской фамилии и представители иностранных держав. К этому времени парк императорских железнодорожных составов достиг пяти единиц.
К 1903 г. на собственной императорской станции в Царском Селе уже имелись: вокзал, платформа длиной 200 метров (в том числе крытая – 100 м), две казармы 1-го Железнодорожного батальона со вспомогательными службами, паровозный поворотный круг диаметром 20 метров, сторожевые и стрелочные будки, железнодорожные пути с 4 стрелочными переводами.
В связи с увеличением парка императорских поездов и объемов работ по их техническому обслуживанию и ремонту в 1908 г. разработали проект реконструкции всей станции. Станцию расширили, к ней проложили еще две шоссейные дороги: Липовую аллею от Александровского дворца и дорогу вдоль железнодорожных путей в Царское Село (в настоящее время Академическая улица). Был усовершенствован поворотный паровозный круг, количество стрелочных переводов достигло 21, расширили и количественно увеличили казармы, вспомогательные сооружения, появились новые платформы.
В годы Первой русской революции режимные меры, связанные с поездками царя по железной дороге, ужесточили. Это, прежде всего, было связано с мерами по обеспечению секретности подготовки переездов царской семьи по железной дороге. По воспоминаниям генерала А. Мосолова, он, будучи начальником Канцелярии Министерства Императорского двора, иногда в полдень не знал, что «поезд назначен в три часа пополудни». А во время поездок по железной дороге двух царских составов даже «начальники движения не знали, в каком поезде едет царь»355. Кроме этого, инструкции предписывали, что во время прохождения императорского поезда через станции все грузовые составы должны стоять с закрытыми и опломбированными дверьми. С пассажирскими составами царский поезд также старались «разводить» по времени.
Поскольку во время революции 1905–1907 гг. Николай II был буквально заперт в своих пригородных резиденциях, то численность 1-го Железнодорожного батальона не увеличивалась, несмотря на усиление мер по охране царя. Только после подавления революции и разгрома Боевой организации Партии социалистов-революционеров царь с 1909 г. возобновил свои поездки по стране. В это время 1-й Железнодорожный батальон был развернут до численности полка. С 1909 по 1912 г. в состав 1-го Железнодорожного полка входило два батальона. При новом Дворцовом коменданте В.Н. Воейкове, в начале 1914 г., Железнодорожный полк численно увеличили до 6-батальонного состава.
Последний посол Франции в императорской России М. Палеолог, характеризуя подразделения государственной охраны, упомянул и о 1-м Железнодорожном полке. Он писал: «В дополнение к этим кавалерийским и пехотным контингентам генерал Воейков имеет в своем распоряжении специальное подразделение, Железнодорожный полк его величества, численностью в 1000 человек, составляющих два батальона. Этот полк под командованием генерала Забеля356 обеспечивает эксплуатацию императорских поездов во время поездок монархов по стране и наблюдение за состоянием железнодорожных путей. Этот полк выполняет важнейшую задачу, поскольку идея «взорвать царский поезд» является одной из тех, что завладели умами русских анархистов»357.
В январе 1911 г. на царской станции произошел пожар, в результате которого сгорели практически все станционные постройки, уцелели лишь часть навеса и платформа. В 1912 г. рядом со старым фундаментом возвели новый «Императорский павильон», или «Царский вокзал». Его выстроили в столь любимом Николаем II «неорусском» стиле. В этом же архитектурном стиле выдержаны постройки Федоровского городка, Ратной палаты и казарм Собственного конвоя.