Ключевым элементом в структуре Дворцовой стражи стала реорганизованная в самостоятельную структуру Секретная часть. Официально с 11 июня 1881 г. ее возглавлял Отдельного корпуса жандармов подполковник Е.Н. Ширинкин, который на многие годы стал правой рукой П.А. Черевина. Его предложения, высказанные в мае 1881 г., в целом были приняты. Однако вместо первоначально предлагавшихся 70 человек общее число сотрудников Секретной части было установлено в 28 человек329, но жалованье им выплачивалось на порядок выше. Из 28 человек сотрудников Секретной части оперативных работников насчитывалось 25 человек, включая 15 человек стражников. Их задача сводилась к «фактическому охранению царя». Стражники набирались из числа гвардейских отставников, но в их числе служили отставной поручик и отставной майор. Агентов было 10 человек, их задача – скрытное наблюдение за публикой, приближавшейся к царю и «открытие посягательств на его Особу». В их числе был выпускник Технологического института Ловицкий с окладом в 302 руб. в месяц330 и не имеющий чина Павиланис с окладом в 80 руб.331 Во время пребывания Александра III в Петербурге агенты несли службу стражников, их же специальные обязанности переходили к агентам, состоявшим в ведении Департамента государственной полиции и градоначальника.
К осени 1881 г. организационное становление новых охранных структур, главной задачей которых было обеспечение безопасности царя от террористически актов, завершилось. С этого времени дело охраны получило совершенно отдельное и самостоятельное значение. Начальник охраны П.А. Черевин, пользовавшийся личным доверием Александра III и императрицы Марии Федоровны, быстро превратился в одну из ключевых фигур при новом Дворе. Личное подчинение царю, право личного доклада у царя, безусловная преданность, отсутствие определенных границ его деятельности, требование ко всем ведомствам и учреждениям империи немедленно выполнять его распоряжения и сообщать ему всю информацию о возможных покушениях делали его влияние весьма значительным. Под его непосредственным началом в 1881 г. находились: Гвардейский пехотный отряд Почетного конвоя; Дворцовая полицейская команда под командованием полковника П.В. Зиновьева, включавшая Секретную часть во главе с подполковником Е.Н. Ширинкиным, и Железнодорожная инспекция во главе с полковником Альбертовым. Собственный конвой был подчинен Императорской Главной квартире, а Дворцовая рота замыкались на министра Императорского двора.
Поскольку П.А. Черевин выполнял секретарские и представительские функции, сопровождая царя, то постепенно реальная черновая работа по охране сосредоточилась в руках подполковника Ширинкина. Усиление влияния подполковника Ширинкина проявилось в том, что 8 сентября 1884 г. по представлению П.А. Черевина высочайшим повелением должность начальника Дворцовой полицейской команды упразднялась и полковника П.В. Зиновьева уволили (23 сент. 1884 г.). Должности начальников Секретной части и Полицейской команды объединили и возложили на начальника Секретной части, уже полковника, Ширинкина с наименованием его начальником Дворцовой полиции332. Отдельную агентурную команду от Департамента полиции также подчинили полковнику Ширинкину. Эта агентурная команда ведала регистрацией лиц, приезжавших в царские резиденции вне черты дворцовых зданий, и наименовалась «Охранная агентура, подведомственная Дворцовому коменданту». В конечном счете, по замечанию видного чиновника Министерства Императорского двора B.C. Кривенко, «все нити охраны сосредоточились в руках Ширинкина»333.
Другие мемуаристы тоже подтверждают, что Ширинкин являлся «фактическим руководителем» охраны. В 1894 г. ему было «лет 50. Общительный, энергичный и проницательный, он был предан своему делу и служил идейно, так как располагал независимыми материальными средствами и получаемым содержанием не интересовался. К нам, офицерам, Ширинкин относился с тою несколько покровительственною любезностью, которая свойственна лицам, твердо стоящим на высоком посту. Он часто приглашал нас к себе на обед или поиграть в карты и был хлебосольным и радушным хозяином»334. Радушно угощая офицеров армейской охраны, Ширинкин не забывал о своих обязанностях, и пытался вербовать армейских офицеров, которых привлекали к охране императорских резиденций.
Надо добавить, что полковник Ширинкин действительно был довольно состоятельным человеком. Он располагал доходами, которые ему приносило его имение Березовка, находившееся в Богучарском уезде Воронежской губернии. Именно он вместе с П.А. Черевиным и И.И. Воронцовым-Дашковым превратили Дворцовую полицию в настоящую спецслужбу, и Е.Н. Ширинкин успешно руководил ею на протяжении 20 лет, вплоть до 1905 г.
Собственный Его Императорского Величества Сводный пехотный полк