О смерти митрополита Толстой и Писарев донесли Петру 6 июля 1718 года. Последовала резолюция: «Письма ваши я получил и что Киевского архиерея не стало, известны; а архимандрита Печерского Иоанникия Сенютовича по получении сего изволь свободить и отпустить его по прежнему в Киев для того, что по розыску на них ничего не явилось».
Но вернемся к судьбе царевича Алексея Петровича. Его участь оказалась не менее трагической, чем участь ни в чем не повинного киевского митрополита.
Очевидно, царь отдавал себе отчет в том, что преступления сына караются смертью и что его судьба в конечном счете зависит от него, абсолютного монарха. Однако он не пожелал возложить бремя ответственности на себя и предпочел разделить его с широким кругом лиц — сенаторами, которых обязал выступать в роли следователей, и судом в составе небывалого числа его членов, включая духовных лиц. Этими мерами Петр, помимо прочего, стремился придать делу царевича гласность. Тайная канцелярия вполне оправдывала свое название — все, что творилось в ее застенках, относилось к величайшей государственной тайне, и деятельность этого мрачного учреждения отнюдь не вызывала симпатий подданных, но наоборот — безотчетный страх. Петр, начиная с публичной церемонии встречи с сыном и кончая судом над ним, решил придать процессу внешний вид открытости, гласности — пусть все убедятся как внутри страны, так и за ее пределами, что сын — государственный преступник и его судьбу решает не он, отец, а авторитетные государственные учреждения. Но напомним, что за публичностью и гласностью в те времена скрывалась воля монарха: в самом деле, попробуй выступить в защиту того, кто вызвал гнев самодержца, — тут же сам окажешься в застенках Тайной канцелярии. (Неслучайно даже Яков Федорович Долгорукий, слывший правдолюбцем и, вероятно, в душе осуждавший жестокость отца, безропотно поставит свою подпись под смертным приговором царевичу.)
Но все же: что двигало Петром? Почему он решился передать судьбу сына в руки духовных иерархов и светских чинов?
Два обстоятельства, как свидетельствовал сам царь, побудили его передать дело царевича на рассмотрение «вернолюбезным господам министрам, Сенату и стану воинскому и гражданскому». Одно из них — опасение, «дабы не погрешить, ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в них». Главная же, по-видимому, причина состояла в стремлении царя освободить свою совесть от данной ранее клятвы. Ибо следствие по делу царевича вступало в вопиющее противоречие с трижды высказанным Петром обещанием (цесарю и царевичу письменно и царевичу Толстым устно) простить сына. Однако когда Толстой выманил царевича из Неаполя и тот оказался в руках отца, обещание было грубо нарушено вопросными пунктами царя и его предупреждением, что если царевич в своих ответах что-либо скроет, то «пардон не в пардон», то есть прощение утрачивает силу.
Бесспорно, побег сына наносил колоссальный ущерб отцу, подрывал его престиж монарха, пытавшегося превратить варварскую Россию в цивилизованную страну. Облик царя-героя, победителя шведов под Полтавой, строителя основанного на законах регулярного государства уступал место облику царя-деспота, от произвола которого бежал собственный сын. Гнев царя на предательство сына не затухал, а лишь усиливался, ибо, как выяснялось по ходу следствия, царевич в своих поступках руководствовался злобой и ненавистью к отцу и его деяниям.
Ситуация усугублялась тем, что об обещании царевичу прекрасно знали в Европе. Петру надлежало убедить общественное мнение европейских стран и иностранные дворы в том, что он, царь, хотя и располагает правом решить судьбу любого подданного, но не желает воспользоваться этим правом, а стоит в стороне от трагических событий, и судьбу сына решает не он, а представительный суд.
Механизм его был запущен 13 июня 1718 года, когда царь отправил два письма: одно духовным иерархам, другое светским чинам — сенаторам, министрам, генералитету. Оба послания одинакового содержания.