Сразу поползли слухи об отравлении царской жены (отметим, что при недавно произведенном исследовании захоронения первой царицы в ее костях и волосах, как и в останках Елены Глинской, было обнаружено высокое содержание ртути, мышьяка и свинца). Подозрения пали на подготовленную почву: Иван Грозный не мог не вспомнить, что болезнью жены совсем недавно его пытался устрашить Сильвестр. Должна была вспомниться царю и собственная его болезнь в марте 1553 г., когда многие отказывались приносить присягу царевичу Дмитрию, боясь прихода к власти родственников царицы Анастасии. Тогда отец Алексея Адашева, Федор Григорьевич, заявил царю: «Тебе, государю, и сыну твоему царевичу князю Дмитрею крест целуем, а Захарьиным нам… не служити. Сын твой, государь… еще в пеленицах, а владети нами Захарьиным Даниилу с братией, а мы уж от бояр до твоего возрасту беды видали многие». Уверенный в том, что любимую супругу если и не отравили, то уж точно извели «злыми чарами», Иван IV устроил заочный суд над Сильвестром и Адашевым (обвинения поддерживал упоминавшийся выше престарелый Вассиан Топорков). Председательствовал на суде сам митрополит Макарий. Доказать вину обвиняемых, судя по всему, не удалось, однако положение недавних любимцев царя от этого не облегчилось. Инока Спиридона (таково было монашеское имя Сильвестра) по распоряжению царя сослали еще дальше на север, в Соловецкий монастырь. Алексей Адашев уже в августе 1560 г. был оставлен на воеводстве в только что взятом ливонском городе Феллине (это означало, что в ближайшие несколько лет не может быть и речи о его возвращении в Москву). Вслед за этим костромские вотчины Адашева были конфискованы (вместо них были выделены земли в Новгородской земле). И, наконец, из-за местнического конфликта со вторым воеводой Феллина Адашев был отправлен в другой ливонский город, Дерпт, где ему не было выделено уже никакого официального поста. Вскоре Алексей Адашев был взят под стражу и через пару месяцев умер от некоего «недуга огненного» (поговаривали, однако, о самоубийстве, равно как и об удушении узника по тайному распоряжению царя). Жертвой царского гнева стал и младший брат Алексея Адашева, Даниил, которого в 1561 г. казнили вместе с 12-летним сыном, обвинив в измене.
Война в Ливонии продолжалась, не принося, однако уже таких громких успехов, как в первые месяцы схватки за Прибалтику. Во многом это было обусловлено вступлением в войну более сильного, нежели Ливонский орден, противника – Великого княжества Литовского. Первые столкновения между русскими и литовскими отрядами в Ливонии начались уже летом 1560 г. За кулисами этих военных столкновений велись дипломатические переговоры между властями Ливонии и Великого княжества Литовского. 18 ноября 1561 г. Ливонский орден исчез с карты Европы: в этот день в столице Великого княжества Литовского Вильно между королем Сигизмундом II Августом и ландмейстером Ливонии Готхардом Кетлером было подписано соглашение, по которому часть земель ордена – Курляндия и Земгалия – были провозглашены герцогством Курляндским. Герцогом новоявленного государства стал Кетлер, признавший себя вассалом польской короны. Остальные ливонские земли – Эстляндия и Лифляндия – были включены в состав Великого княжества Литовского.
Летом 1562 г. князь Андрей Курбский, назначенный воеводой в Дерпт, совершил глубокий рейд вглубь литовских земель, разорив окрестности Витебска. Но уже в августе 1562 г. под Невелем он потерпел поражение (которое, впрочем, не было поставлено Иваном Грозным ему в вину). После этого царь решил лично выступить в поход против Великого княжества Литовского. В конце ноября 1562 г. его войско (в котором по некоторым оценкам было до 60 тыс. человек) выступило из Москвы и двинулось в направлении ключевой литовской крепости на Западной Двине – Полоцка. 31 января 1563 г. город был осажден. Несколько предложений о капитуляции литовский воевода Станислав Довойна с гордостью отверг. Но уже через две недели, 15 февраля, город был взят штурмом. В плен попало около 60 тысяч жителей города, изрядная часть которых была в дальнейшем продана в рабство. Захваченным в городе евреям было предложено креститься; тех из них, кто отказался это сделать, утопили в Двине. Взятие Полоцка открывало дорогу на столицу Великого княжества Литовского, Вильно, поэтому уже через неделю после «полоцкого взятья» в стан Ивана IV явились литовские послы с просьбой о перемирии (на которую царь ответил согласием).