Митрополит хотел было немедленно ехать к царю, но на общем совете было положено, чтобы он остался в столице, где уже начинались беспорядки. Вместо него поехали святители, а главным между ними новгородский архиепископ Пимен. В числе духовных лиц был давний наушник царский чудовский архимандрит Левкий. С духовенством отправились бояре — князья Иван Дмитриевич Бельский, Иван Фёдорович Мстиславский и другие. Были с ними дворяне и дети боярские. Как только они появились в Александровской слободе, то были тотчас же, по царскому приказанию, окружены стражею: царь принимал их как будто врагов в военном лагере. Восхваляя и возвеличивая всячески царя, посланные умоляли его ради святых икон и христианской веры, которые могут быть поруганы врагами-еретиками, взять снова власть в свои руки. «А если тебя, государь, смущают измена и пороки в нашей земле, о которых мы не ведаем, то воля твоя будет — и миловать, и строго казнить виновных, всё исправляя мудрыми твоими законами и уставами».
Царь сказал им, что он подумает, и чрез некоторое время призвал их снова и дал такой ответ:
«С давних времён, как вам известно из русских летописцев, даже до настоящих лет, русские люди были мятежны нашим предкам, начиная от славной памяти Владимира Мономаха, пролили много крови нашей, хотели истребить достославный и благословенный род наш. По кончине блаженной памяти родителя нашего, готовили такую участь и мне, вашему законному наследнику, желая поставить себе иного государя, и до сих пор я вижу измену своими глазами: не только с польским королём, но и с турками и крымским ханом входят в соумышление, чтобы нас погубить и истребить; извели нашу кроткую и благочестивую супругу Анастасию Романовну: и если бы Бог нас не охранил, открывая их замыслы, то извели бы они и нас с нашими детьми. Того ради, избегая зла, мы поневоле должны были удалиться из Москвы, выбрав себе иное жилище и опричных советников и людей».
Иоанн подал им надежду на то, что он возвратится и снова примет жезл правления, но не иначе, как окружив себя избранными, опричными людьми, которым он мог доверять и посредством них истреблять своих лиходеев и выводить измену из государства. Удержав некоторых бояр при себе, он отпустил других сановников и должностных лиц в Москву, чтобы там до его приезда дела шли своим чередом.
Наконец 2-го февраля царь прибыл в Москву и появился посреди духовенства, бояр, дворян и приказных людей. Наружность его поразила всех: его трудно было узнать, так он изменился за последнее время. Взгляд его был мрачен и свиреп; беспокойные глаза беспрестанно перебегали из стороны в сторону; на голове и в бороде вылезли почти все волосы. Видно было, что он пережил недавно страшную душевную тревогу. Покидая государство на произвол судьбы, Иоанн затевал игру не совсем безопасную. Что, если бы повторилось то, что произошло после московского пожара? Происшедший в то время мятеж показывал царю, что московский народ подчас способен поддаться внушению противников власти. Но роковая игра выиграна. Царь торжествовал. Духовенство, народ и бояре признали, что без него царство погибнет.
Иоанн объявил, что он, по желанию и челобитью московских людей, а наипаче духовенства, принимает снова власть, с тем, чтобы ему на своих изменников и непослушников вольно было класть опалы, казнить смертью и отбирать на себя их имущество и чтобы духовные вперёд не надоедали ему челобитьем о помиловании опальных.