Так как в то время явилась сильная потребность в мерах против злоупотреблений лиц правительственных и судей, то эта потребность и не могла не высказаться в новом судебнике. Подобно судебнику Иоанна III, новый Судебник запрещал судьям дружить, и мстить, и брать посулы (взятки), но не ограничивал одним общим запрещением, а грозил определённым наказанием в случае ослушания: «Если судья просудится, обвинит кого-нибудь не по суду без хитрости и обыщется-то вправду, то судье пени нет; но если судья посул возьмёт и обвинит кого не по суду и обыщется-то вправду, то на судье взять истцов иск (стоимость иска), царские пошлины втрое, а в пене, что государь укажет. Если дьяк, взявши посул, список нарядит или дело запишет не по суду, то взять с него перед боярином в половину да кинуть в тюрьму. Если же подьячий запишет дело не по суду за посул, то бить его кнутом (подвергнуть торговой казни)». «Если виновный солжёт на судью, то бить его кнутом и посадить в тюрьму». Поставлены предосторожности против злоупотреблений дьяков и подьячих и наказания в случае их обнаружения: «Дела нерешённые дьяк держит у себя за своею печатью, пока дело кончится. Дьяки, отдавая подьячим дела переписывать с черна начисто, должны к жалобницам (прошениям) и делам прикладывать руки по склейкам, и когда подьячий перепишет, то дьяк сверяет сам переписанное с подлинником, прикладывает руку и держит дела у себя, за своею печатью. Подьячие не должны держать у себя никаких дел».
Государственное правосудие и управление сосредоточивалось в столице, где существовали чети, или приказы, к которым были приписаны русские земли. В них судили бояре или окольничьи, дьяки вели дела, а под ведомством дьяков состояли подьячие. В областях мы видим судебное и административное деление на города и волости. При городах были обыкновенно посады (города в нынешнем смысле), иногда и без города существовали посады, составлявшие до известной степени особое управление, так как посадские люди, занимавшиеся ремёслами, промыслами и торговлей, отличались от волостных. Волости были собранием земледельческих сел. Город с волостями составлял уезд, разделявшийся в полицейском отношении на станы. Уезд заменил старинное понятие о земле: как прежде городу нельзя было быть без земли, так теперь городу нельзя было быть без уезда, подобно тому как деревне нельзя быть без полей и угодьев. В городах и волостях управляли наместники и волостели, которые могли быть и с боярским судом (с правом судить подведомственных им людей, подобно боярам в своих вотчинах) или без боярского суда. Они получали города и волости себе «в кормление», то есть в пользование. Суд был для них доходною статьёю, но это был собственно доход государя, который передавал его своим слугам вместо жалованья за службу. Там, где они сами не могли управлять, они посылали своих доверенных и тиунов. На суде наместников были дьяки и разные судебные приставы с названиями — праветчиков (взыскателей), доводчиков (звавших к суду и также производивших следствие), приставов (которые стерегли обвинённых) и недельщиков (посылаемых от суда с разными поручениями).
Рядом с этим государевым судебным механизмом существовал другой — выборный народный. Представителями последнего были: в городах — городовые приказчики и дворские, а в волостях — старосты и целовальники. Старосты были двоякого рода: выборные полицейские и выборные судебные. Общества были разделены на сотни и десятки и выбирали себе блюстителей порядка: старост, сотских и десятских. Они распоряжались раскладкою денежных и натуральных повинностей и вели разметные книги, где записаны были все жители с дворами и имуществами. Старосты и целовальники, которые должны были сидеть на суде наместников и волостелей, выбирались волостями или же вместе с ними и теми городами, где не было дворского. Всякое дело, производившееся в суде, писалось в двух экземплярах и в случае надобности поверялось тождество между ними. Как у наместников и волостелей были свои дьяки, так у старост — свои земские дьяки, занимавшиеся письмоводством, а у этих дьяков — свои земские подъячие.
Важные уголовные дела подлежали особым лицам — губным старостам, избранным всем уездом из детей боярских; в описываемое время их суду подлежали только разбойники. Это учреждение явилось в некоторых местах ещё в малолетство Иоанна и вызвано было усилившимися разбоями. В некоторых уездах было по два губных старосты. Власть их была велика: всё равно должны были подчиняться их суду.
Судебник заботился об ограждении народа от тягости государственного суда и от произвола наместников и волостелей: последние, в случае жалоб на них, подвергались строгому суду. Выборные судьи могли посылать приставов за людьми наместников и волостелей; и если бы наместники и волостели взяли кого-либо под стражу и заковали, не заявив о том выборным судьям, то последние имели право силой освободить арестованных. Только служилые государевы люди подлежали одному суду наместников и волостелей.