Доказывая предвзятость следственного дела, историки ссылаются на жестокое наказание посадских людей — угличан17. Гонения на угличан подробно описаны в «Сказании Авраамия Палицына», «Сказании о Самозванце» и в других поздних источниках, составленных много десятилетий спустя на основании воспоминаний и слухов. Они могут дать лишь приблизительное представление о последовательности событий. В угличском судном деле, основанном на показаниях очевидцев, нет и намека на аресты или применение пыток комиссией Шуйского. В виде исключения следователи арестовали царицына конюха, что и было оговорено в протоколах допросов. Свидетели обличили конюха в крахе вещей убитого Битяговского. Угличан подвергли преследованиям после того, как Шуйский доложил в Москве о результатах расследования причин гибели Дмитрия, и власти учинили новое расследование об измене Нагих и поджоге Москвы.
Оппозиция пыталась использовать смерть Дмитрия, чтобы опорочить правителя Бориса Годунова и добиться его отстранения от власти. Едва весть об «убийстве» царевича Дмитрия достигла Ярославля, противники Бориса распорядились среди ночи будить город. Поднятым с постели жителям объявили, что сына благоверного царя Ивана предательски зарезали подосланные убийцы. Поднявшие ночную тревогу рассчитывали, что ярославцы последуют примеру угличан, но они ошиблись в своих расчетах. Д. Горсей находился в Ярославле и описал происшествие как очевидец. Он не назвал по имени инициаторов обращения к посаду, но из его рассказа можно заключить, что инициатива исходила от Нагих. Находившийся в ярославской ссылке А. Ф. Нагой первым получил от братьев весть о гибели Дмитрия и тотчас явился к Горсею за снадобьями для своей племянницы Марии Нагой. Затем он поднял тревогу.
Главной ареной борьбы между Годуновым и оппозицией стала Москва. Положение в столице приобрело тревожный, даже критический характер задолго до смерти Дмитрия. На московских улицах со 2 мая появились военные отряды, получившие приказ «беречь город от огня и ото всякого воровства». Охрана порядка в Москве была возложена на знатных дворян князя В. П. Туренина, А. Ф. Головина, князя В. Г. Звенигородского и др18. Власти не забыли о недавних народных волнениях, когда им пришлось сидеть в Кремле «в осаде», и со страхом ждали повторения «воровства». Народное недовольство могло вырваться наружу в любой момент.
Тревога по поводу народного возмущения усугублялась внешнеполитическим кризисом. Крым и Швеция угрожали России одновременным нападением с юга и севера. В начале года шведы сконцентрировали свою армию на псковских рубежах. Со дня на день ждали нападения на Москву всей Крымской Орды19.
Смерть Дмитрия была выгодна не столько Годунову, сколько его противникам. Они обвинили правителя в преднамеренном убийстве младшего сына Грозного. По всей столице «тайно шептали, что все устроено Годуновыми». Среди знати и простонародья толковали об «измене» Годуновых и их стремлении завладеть троном. Царь Федор был испуган: при дворе «опасались смуты и сильного волнения в Москве»20. Восстание могло обернуться для Годуновых катастрофой.
В 20-х числах мая неизвестные лица в трех местах подожгли Москву, в результате чего выгорел весь Белый город21. Противники правителя обвинили его и в этом преступлении, чтобы спровоцировать москвичей, оставшихся без крова, на выступление. Слухи, порочившие Годуновых, не только распространились по всей России, но и проникли за рубеж. Тем же летом в Литву были посланы гонцы с официальным заданием опровергнуть подозрения, будто Москву «зажгли Годуновых люди»22.
Власти отдали приказ о повальных арестах подозрительных лиц. В руки следователей попали слуга Нагих Иван Михайлов, некий банщик Левка и другие лица. Банщик сознался, что поджег Москву после того, как получил деньги от Ивана Михайлова. 28 мая правительство предупредило население об опасности новых поджогов в столице и провинциальных городах. Афанасий Нагой, гласила царская грамота, велел своим слугам «накупить многих зажигальников, а зажигати им велел московский посад во многих местах… и по иным по многим городам Офанасей Нагой разослал людей своих, а велел им зажигальников накупать, городы и посады зажигать»23.
Официозная версия насчет поджога Москвы Нагими не внушала большого доверия современникам. Ее истинность не поддается проверке. Очевидно лишь одно. Пожары накалили обстановку в столице до предела, и каждая из противоборствующих сторон пыталась направить народное возмущение против соперников. Нагие и прочие противники Годунова провоцировали мятеж, обвиняя Бориса во всех бедах. Правитель возложил ответственность за пожары на Нагих.