После убийства Лжедмитрия бояре заседали в Кремле всю ночь, до рассвета. Торг из-за власти длился три дня. При жизни Отрепьева бояре-заговорщики тайно обещали царскую корону Владиславу, сыну короля Сигизмунда III. Избиение польских наемников в Москве привело к тому, что вопрос о передаче трона королевичу-иноверцу отпал сам собой. Борьба за власть в любой момент грозила вызвать смуту. «Почал на Москве мятеж быти во многих боярех, — записал современник, — а захотели многие на царство». Корону оспаривали Шуйские и Голицыны, Мстиславский и Романовы. Аристократия спешила использовать междуцарствие, чтобы в ущерб интересам государства расширить свои привилегии и доходы. Из знатнейших, отметил польский очевидец, каждый желал государствовать: самым последним, в свою очередь, хотелось быть участниками царских доходов, почему склонялись к той мысли, чтобы царство было разделено на разные княжества8.
В конце концов трон достался боярину Василию Шуйскому. Инициаторами его избрания, по словам Л. Палицына, выступили «малые некии от царских палат» — младшие члены думы, не посчитавшиеся с мнением вельмож. По свидетельству И. Тимофеева, более всех других успеху В. Шуйского способствовал окольничий Михаил Татищев: боярин Василий Иванович воцарился так «спешив, елико возможе того (Татищева — Р. С.) скорость». Трое братьев Шуйских, их племянник Скопин, Крюк Колычев, Головин, Татищев, купцы Мыльниковы, крутицкий митрополит Пафнутий собрались на подворье Шуйских, составили грамоту об избрании на царство князя Василия и отвели его на Лобное место для представления народу. Среди столичного торгового населения у Шуйских было много сторонников. Это обстоятельство помогло им и в дни мятежа, и в дни царского избрания. На вопрос, достоин ли Шуйский — известный страдалец за православие — царствовать, москвичи ответили возгласами одобрения. Как записал в своей Хронике К. Буссов, Шуйский утвердился на троне «только волею жителей Москвы: всех этих купцов, пирожников и сапожников и немногих находившихся там. (на площади — Р. С.) князей и бояр». Планы созыва избирательного Земского собора не были осуществлены. При царе Федоре и князья церкви судили князя Василия за измену и отправили его в ссылку. При царе Борисе Шуйский подвергся новым преследованиям, а Игнатий Татищев (будущий приспешник князя Василия) даже рукоприкладствовал, бил его при народе. При Лжедмитрии I дума и церковные иерархии приговорили Шуйского к смертной казни. Князь Василий не стал созывать Земский собор, потому что руководство любым собором осуществляли дума и священный собор, где преобладали противники нового царя. Князь Василий, подобно Борису Годунову, вынужден был апеллировать к народу, чтобы преодолеть сопротивление бояр и князей церкви. К тому же Шуйский считал себя государем по праву рождения. В тексте присяги князю Василию подчеркивалось, что все его прародители — от Рюрика до Александра Невского — испокон века («сидели на Российском государстве». В действительности Шуйские вели свой род от младшего брата Александра Невского, но царю нужно было имя самого популярного из древнерусских князей.
При восшествии на трон Шуйский обещал никому не мстить за старые обиды, но своей клятвы не выполнил. Самые видные из приверженцев и друзей Отрепьева лишились чинов и были высланы из столицы в провинцию.
В день избрания царь Василий велел убрать Лжедмитрия с площади. Труп привязали к лошади, выволокли в поле и там закопали у обочины дороги. Князь Иван Голицын испросил у думы особой милости: разрешения похоронить брата, Петра Басманова, в церковной ограде на дворе Басмановых.
Настроения народа были переменчивыми. В день переворота боярам удалось использовать выступления посадских людей в своих целях. Народ был устрашен жестоким убийством царя. Но вскоре положение стало меняться. Прошло несколько дней после мятежа, отметил Я. Маржарет, а в городе слышен был лишь ропот; одни плакали, горевали, а другие, наоборот, радовались. Перемена в народных настроениях привела к тому, что столицу захлестнули слухи о зловещих знамениях. Когда труп «Дмитрия» везли через крепостные ворота, налетевшая буря сорвала с них верх. Потом грянули холода, и вся зелень в городе пожухла. Подле ямы, ставшей последним прибежищем Отрепьева, люди видели голубые огни, поднявшиеся прямо из земли.
Духовенство было встревожено этими толками и долго совещалось, как бы вернее покончить с мертвым колдуном и чародеем. По совету монахов труп Лжедмитрия выкопали из ямы, в последний раз протащили по улицам города, после чего доставили в село Котлы к югу от Москвы и там сожгли. Новый царь желал убедить народ, будто Лжедмитрий намеревался истребить бояр во время военных потех у подвижной крепости, на стенах которой были намалеваны черти, и потому названной москвичами «адом». По этой причине тело самозванца было сожжено вместе с «адом».