В случае кончины Федора у Бориса был единственный шанс сохранить власть. Ему необходимо подготовить почву для нового династического брака, который позволил бы Ирине Годуновой после смерти мужа остаться московской царицей. Один из таких проектов обсуждался в окружении Щелкалова, другой — в окружении Бориса. В 1585 г. посол Лука Новосильцев, ездивший в Прагу, узнал о смертельной болезни Федора и немедленно завел переговоры с Габсбургами относительно возможности заключения брака вдовы Ирины с одним из братьев императора25. Во время визита в Москву Гарабурда потребовал объяснений по этому поводу. Борис попал в трудное положение. Власти объявили злодейством толки о сватовстве Ирины при живом муже: «И мы то ставим в великое удивление, што такие слова злодейские нехто затеял, злодей и изменник»26.
В конце 1586 г. Баторий умер, после чего Борис послал в Польшу послов для переговоров об унии. Но их миссия потерпела полную неудачу. Польский трон занял Сигизмунд III. Речь Посполитая оказалась связана со Швецией личной унией. Заняв трон, Сигизмунд тотчас начал готовиться к войне. Россия была разорена дотла и не могла противостоять Речи Посполитой и Швеции.
В обстановке военной угрозы Борис Годунов обрушил на своих противников гонения. Боярин князь Андрей Шуйский был сослан в деревню, а затем посажен в тюрьму. Самая жестокая кара постигла московских купцов, которые, как разъяснил Посольский приказ за рубежом, вместе с Шуйскими «поворовали были, не в свойское дело (развод царя. — Р. С.) вступилися, к бездельником пристали»27. Шесть московских купцов и торговых людей, участвовавших в соборе, были обезглавлены «на пожаре» посреди столицы. Власти не осмеливались учинить расправу над регентом И. П. Шуйским. Ему было предложено покинуть столицу и жить в своей вотчине.
В значительной мере победе Годунова способствовало то, что в его руках находилась военная сила — «двор» и, прежде всего, «дворовые» стрелецкие приказы, несшие охрану Кремля. «Двор» был последышем опричнины и включал тщательно отобранных дворян и стрельцов. События 1584 и 1586 гг. показали, что старый механизм управления, основанный на насилии, утратил действенность. Годуновы сделали карьеру в опричнине и на дворовой службе, но они раньше других поняли необходимость перемен. Страна не желала возврата к временам Грозного, и в 1587 г. правитель, проявив политическую мудрость, объявил о роспуске «двора»28. Иначе говоря, именно Борис — преемник Грозного — упразднил его политическое наследие — раскол дворянского сословия, на котором Иван IV воздвиг свою неограниченную власть. Роспуск «двора» был венцом карьеры правителя России. В то же время эта мера отняла у него надежную военную опору.
В 1588 г. страну постигли крупные стихийные бедствия. Неурожай привел к голоду, охватившему громадную территорию. Улицы столицы заполнили толпы неимущих. Именно в это время в Москве появился юродивый Иван Большой Колпак, который нагим ходил по улицам Москвы и обличал правителей, «особенно же Годуновых, которых считают притеснителями всего государства»29. В 1584–1586 гг. поддержка могущественного дьяка A. Щелкалова помогла Борису одолеть Шуйских. Однако в 1588 г. раздор между соправителями привел к опале Щелкалова, длившейся не менее полугода. Круг сторонников Годунова сузился.
Оказавшись в изоляции, правитель прибегнул к репрессиям, которые свидетельствовали о слабости его позиций. По меткому замечанию B. О. Ключевского, современные летописцы верно понимали затруднительное положение Бориса и его сторонников при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым30.
В обстановке нараставшего кризиса власти завершили розыск об измене Шуйских. Следствие вели с применением обычных в то время средств. Участников заговора брали на пыточный двор и допрашивали с пристрастием. Некоторые из арестованных дворян, убедившись, что их дело проиграно, поспешили сменить знамена. Федор Старой, служивший в свите Шуйских, подал донос на своих государей31. Власти получили важные улики, изобличившие вождей оппозиции в изменнических связях с Речью Посполитой. Бояре Шуйские, сосланные в деревню, в 1587 г. оказались под стражей. Как значится в книгах Разрядного приказа, «того же году 95-го сослан в опале в Галич князь Василий Иванович Шуйский». Из записи следует, что приставами у опального боярина были А. В. Замыцкий и галицкий судья князь М. Д. Львов. Оба дворянина внесены в список двора Федора (1588–1589 гг.). Против имени Замыцкого имеется помета «у Шуйских», против имени Львова — «у колодников, в Галич»32.
Более позднее «Сказание» свидетельствует, что Годунов перевел опальных Шуйских из их вотчин в темницы: князя Андрея — в Буй-город, князей Василия и Александра — в Галич, князей Дмитрия и Ивана — в село Шую. Список двора Федора подтверждает факт содержания Шуйских под стражей в трех местах. Так, в нем фигурируют трое дворян — А. В. Замыцкий, Ф. П. Чудинов-Окинфов и И. Р. Вырубов, служившие в конце 1588–1589 гг. приставами у опальных Шуйских33.