В дни междуцарствия в 1598 г. Романовы пытались противодействовать Борису Годунову, опираясь на поддержку Б. Я. Бельского. Подобно Романовым, Бельский ждал кончины царя Бориса, чтобы возобновить борьбу за власть. Опасаясь интриг племянника Малюты, правительство в 1599 г. отослало его в экспедицию на Северский Донец, где предполагалось выстроить новую степную крепость Царев-Борисов.
Экспедиция на Донец началась в июне 1599 г. Располагая огромными земельными богатствами, Богдан Бельский снарядил в поход собственную вотчинную армию — «двор». Едва войска прибыли в урочище под Святой горой, Бельский «град нача делати преже своим двором и здела своими людми башню и городни и укрепи великою крепостию. Потом же с тово образца повеле и всей рати делати» 23.
В подчинении Бельского находилась внушительная военная сила: 46 выборных дворян, 214 детей боярских — рязанцев, тулян, каширян и белевцев, 2600 русских и украинских казаков, стрельцов и «немцев» 24. Рязанцы, каширяне и отчасти туляне приняли самое активное участие в антигосударственных восстаниях, происшедших через несколько лет. Вероятно, настроения недовольства возникли в их среде много раньше, доказательством чего служит участие рязанцев в уличных беспорядках 80-х годов XVI в.
В Цареве-Борисове воевода Б. Я. Бельский не воспользовался случаем поживиться за счет казенных средств, отпущенных на жалованье служилым людям и оплату строительных работ. Окольничий велел доставить в Царев-Борисов много припасов из собственных вотчин и щедро ссужал своих подчиненных. «Ратных же людей поил и кормил по вся дни множество и бедным давал деньги, и платье, и запасы». Бельский явно стремился завоевать популярность среди служилых людей, и он достиг цели. «Прииде же на Москве, — записал летописец, — про ево от ратных людей хвала велия…» 25
Благодаря энергии и распорядительности Бельского, крепость Царев-Борисов была воздвигнута очень быстро. Но воевода вел себя крайне неосторожно. Щедро угощая ратных людей, Бельский заявлял, что теперь он царь в Цареве-Борисове, как Борис Федорович царь в Москве. Служилые немцы, находившиеся в отряде, тотчас послали донос в Москву. Б. Н. Флоре удалось разыскать подлинное следственное дело об «измене» Богдана Бельского, из которого следует, что он подвергся опале не сразу. Будучи оружничим в течение 20 лет, Бельский ведал Аптекарским приказом: участвовал в изготовлении лекарств, один имел право подносить снадобья царю. В то время как оружничий был занят строительством крепости на границе, царь Борис приблизил к себе шотландского капитана Габриэля, человека бывалого и смыслившего в медицине. По свидетельству Конрада Буссова, Годунов выписал себе врача из-за рубежа, а пока «за неимением лучшего Габриэль был назначен лейб-медиком Бориса». В конце октября 1600 г. в Москву в свите английского посла Р. Лея прибыл медик Кристофер Рихтингер. В апреле 1601 г. посол покинул Россию, а медик был зачислен на службу в Аптекарский приказ. По ходатайству Р. Лея Борис пожаловал ему чин придворного доктора 26. Габриэль и Кристофер принялись лечить царя сообща, но тут в дело вмешался Бельский.
«Дохтур Христофор» с Габриэлем составили два зелья, которые Борис должен был выпить одно за другим. Но, вопреки их предписанию, Бельский «того зелья государю не подносил, а подносил то зелье, что составлено канун того дни». Габриэль осмелился пожаловаться Годунову и «про те оба зелья извещал государя». Узнав об этом, Бельский велел немедленно арестовать Габриэля. Находясь под стражей, шотландец нашел способ известить власти, что «ведает государево дело на Богдана на Бельсково». Габриэль не осмелился назвать влиятельного вельможу государевым изменником, но заявил, что Бельский обладает искусством как лечения, так и порчи людей, а вредные зелья он даже пробует на себе: «Богдан Бельской обтекарское дело знает гораздо и ведает, чем человека испортить и чем его опять излечить, да и над собою Богдан то делывал, пил зелье Дурное, а после того пил другое». Не выдвигая никаких конкретных обвинений против Бельского, Габриэль тем не менее подчеркивал, что получение лекарств из его рук — дело опасное: «Богдан Бельский знает всякие зелья, добрые и лихие, да и лечебники все знает же, да и то знает, что кому добро зделать, а чем ково испортить, и для того Богдану у государя блиско быти нельзя» 27.
Здоровье Бориса продолжало ухудшаться, поэтому донос Габриэля не был оставлен без внимания. Бельского отстранили от руководства Аптекарским приказом, перешедшим к 1603 г. в прямое ведение главы сыскного ведомства Семена Годунова. Надо полагать, что новый «аптекарский боярин» и позаботился о суде над Бельским. Как и Романовых, Бельского обвинили в том, что он желал себе царства. После осуждения его вывели на рыночную площадь и подвергли позорному наказанию. Палачом ему был назначен капитан Габриэль, побывавший в тюрьме по его милости. Габриэль вырвал у опального клок за клоком всю его длинную, окладистую бороду, тем самым полностью обесчестив его 28.