Что касается чисто ученой деятельности В. В. Болотова как исследователя, то при всей разносторонности проявлений ее по разным поводам, можно, однако, заметить, что собственные интересы его, при его исключительных способностях и знаниях лингвиста, всегда влекли его, и чем далее, тем, по–видимому, более в область истории христианского Востока в широком смысле (не греческого лишь). Эта область, при недостаточной вообще ее разработанности, по малой доступности ее источников во всем объеме для большинства и западных ученых, обещала более всего дать и новых результатов.
Первая ученая работа его, магистерское сочинение об Оригене, относилась к области греческого богословия. Первоисточники греческой церковной истории и во все дальнейшее время были для него предметом постоянного изучения в самом широком объеме. Знакомился он с ними, насколько это было возможно делать, не выезжая из Петербурга, и по рукописям, обращался в первые годы (вероятно, под влиянием И. Е. Троицкого и по его указаниям) к неизданным памятникам и византийской «Церковной истории». Так, он занимался в 1880–х гг. изучением кодекса церковной истории Евсевия Московской Синодальной библиотеки № 405 (50/LI) (кодекс J) и сделал тщательнейшую сверку его вариантов. Как можно видеть из сохранившихся в его бумагах начальных листков его письма на немецком языке к ростокскому профессору (потом гёттингенскому) Е. Schwartz'y 23 марта 1891 г., заключив на основании известия в Theolog. Literaturblatt. 1891. № 10. Sp. 96, что тому поручено Берлинской Академией наук сличение рукописей «Истории» Евсевия, он предложил ему свою сверку указанного кодекса, законченную еще 22 февраля (6 марта) 1886 г. и произведенную им для своего употребления, по его выражению, «соп amore und — mit aller Genauigkeit eines »; он рассчитывал при этом представить всю сверку в печатном виде уже в сентябре, на понятном и для адресата языке, лишь с написанным по–русски введением. Это намерение, однако, не было осуществлено, и неизвестно, было ли само письмо отправлено Schwartz'y; последний в вышедшем в 1909 г. введении к своему изданию «Истории» Евсевия говорит лишь о бывшей у него сверке указанного кодекса, произведенной киевским профессором Sonny.[398] В бумагах В. В. Болотова имеется, далее, под заглавием « », копия с произведений этого писателя из Cod. Mosq. 418 (363/CCCL), f. 359r — 363v (I: ', II: ). Из этой же рукописи была снята им копия произведения Георгия Кипрского — Евфимию Мадитскому (f. 375v — 388г, издано в 1889 г. архим. Арсением). И. И. Троицкому В. В. Болотов содействовал, например, при издании «Автобиографии» Михаила Палеолога в 1885 г.[399] С другой стороны, если предметом его магистерской диссертации был восточный греческий богослов, то для диссертации докторской им избран был западный латинский писатель (хотя и имевший ближайшее отношение к истории Востока и ее источникам) — диакон Рустик, и хотя задуманное сочинение и не появилось, но материалы для него были уже собраны. В написанных по особым внешним поводам этюде о папе Либерии и отзыве о сочинении проф. А. И. Садова о Лактанции он дал потом блестящие образцы работ, касавшихся и западной латинской церковной истории. Но наряду с этим уже с ранних пор он направляет свое внимание на особую область, на историю христианского негреческого Востока.