Труды проф. В. В. Болотова, относящиеся к вопросу о Filioque, обязаны своим происхождением участию его в 1893 г. в комиссии, учрежденной по указу Св. Синода от 15 декабря 1892 г. для выяснения условий и требований, которые могли бы быть положены в основу переговоров со старокатоликами, ищущими общения с Православной Восточной церковью. Будучи в этой комиссии, председателем которой был назначен архиепископ Финляндский (потом митрополит Петербургский) Антоний, членом и вместе делопроизводителем, В. В. Болотов составлял и сам переписывал все журналы заседаний ее в 1893 г. и выработал также принятый комиссией (1 июня) проект доклада ее Св. Синоду. Кроме вопроса о Filioque, рассмотрение которого было поручено специально ему и проф. A. J1. Катанскому, он представлял справки, в виде особых рефератов, и по другим вопросам, обсуждавшимся в комиссии. Так, им были написаны трактаты: «Несколько примеров отношения древней Церкви к хиротониям канонически незаконным (к вопросу о том, допустимо ли различие между понятиями «канонический» и «недействительный»)» (приложение 2, к журналу 15 марта); «К вопросу об опресноках» (приложение 10, к журналам 20 и 27 апреля), «Споры об опресноках» (приложение 11, к журналу 27 апреля).
Вопросу о Filioque, после того как на первом заседании комиссии 8 января 1893 г. было установлено, кого нужно иметь в виду под старо–католиками и какие старокатолические документы следует считать авторитетными при суждении о вероучении старокатоликов, и на втором заседании 15 января обсуждено было так называемое утрехтское заявление старокатолических епископов (1889 г.) со стороны согласия его с православным учением,[519] посвящены были дальнейшие три заседания комиссии, 22 и 29 января и 23 февраля. На заседании 22 января В. В. Болотовым была предложена обширная «справка» об учении старокатоликов относительно исхождения Св. Духа по их авторитетным вероизложениям, о результатах переговоров с ними по этому вопросу на боннских конференциях 1874 и 1875 гг., о сочинениях русских богословов, написанных для выяснения святоотеческого учения об этом предмете, и наконец, вообще о тех данных, которые могут служить к разъяснению вопроса, как следует отнестись к Filioque в смысле частного мнения старокатоликов (весьма обширный трактат).[520] На следующем заседании 29 января был выслушан реферат проф. A. JI. Ка–танского, не прочитанный на предыдущем заседании по недостатку времени, об отношении старокатоликов к восточному и западному учению об исхождении Св. Духа, как выразилось это отношение на второй боннской конференции 1875 г., и было постановлено, после некоторых других справок и замечаний, поручить субкомиссии из проф. A. Л. Катанского и В. В. Болотова, под председательством архиепископа Антония, представить к дальнейшему заседанию комиссии «проект изложения православного учения о Св. Духе, который мог бы служить ответом на вопрос, поставленный старокатолическим движением».[521]Как замечает В. В. Болотов в письме к архиеп. Антонию от 9 /10 февраля, он в субкомиссии «радикально» разошелся с A. JI. Катанским по вопросу о Filioque. Им тогда представлены были 27 тезисов об этом предмете, с особым введением к ним. По его предположению, эти тезисы, также мнение A. JI. Катанского,[522] могли бы быть посланы членам комиссии для ознакомления и замечаний на кажущиеся сомнительными пункты. Но предположение это не было осуществлено, и сам В. В. Болотов в немецком издании тезисов замечает, что они известны были лишь трем богословам (кроме архиепископа Антония и A. Л. Катанского, нужно думать, еще протопресв. И. Л. Янышеву). В заседании 23 февраля комиссия, «приняв во внимание некоторые опыты, предложенные субкомиссией», сформулировала и приняла, «как достаточно точно выражающие то отношение, в котором стоит Православная Восточная церковь к старокатоликам в учении об исхождении Св. Духа», те положения, которые были потом включены в донесение комиссии Св. Синоду и сообщены затем старокатолической комиссии.[523]