По мнению Троцкого, «создать крепкую армию нельзя с налету. Затыкая и штопая дыры на фронте, делу не поможешь. Переброска отдельных коммунистов и коммунистических отрядов в наиболее опасные места может только на время улучшить положение. Спасение одно: преобразовать, реорганизовать, воспитать армию путем упорной, настойчивой работы, начиная с основной ячейки, с роты, и, поднимаясь выше через батальон, полк, дивизию; наладить правильное снабжение, правильное распределение коммунистических сил, правильные взаимоотношения командного состава и комиссаров, обеспечить строгую исполнительность и безусловную добросовестность в донесениях (выделено в документе. —
Председатель Реввоенсовета республики пытался находить общий язык и с нелояльными большевикам элементами. Так, весной 1919 г. Троцкий предложил интегрировать в Красную Армию анархистов Нестора Махно путем присылки в «анархистские банды» махновцев отрядов партработников, чекистов, матросов и рабочих.
Троцкий был прекрасным оратором, его речи на фронтах сыграли роль в поднятии боевого духа бойцов Красной Армии. Проявлял заботу о простых красноармейцах. Осенью 1919 г. он писал в ЦК о необходимости теплой одежды для армии, т. к. «нельзя требовать от человеческого организма больше, чем он может вынести».
Троцкий всячески способствовал распространению в РККА военных знаний, развитию военной науки. Так, при его покровительстве группой бывших офицеров в Москве издавался серьезный военно-научный журнал «Военное дело».
Заботясь о подготовке командиров, вожди РККА не забывали и о рядовых бойцах. Их подготовка с 1918 г. велась через Всевобуч (Всеобщее военное обучение). За короткое время во всех рабочих центрах появились отделы обучения и формирования. По замыслу Троцкого, Всевобуч должен был создать крупные войсковые единицы до армий включительно. В рамках Всевобуча осуществлялась допризывная подготовка в трудовых школах, которую прошло 60 000 человек, или 10 % всех взятых на учет.
Троцкий придавал большое дисциплинарное значение фактору репрессий в армии. В секретной «Инструкции ответственным работникам 14-й армии», подписанной Троцким 9 августа 1919 г., говорилось о принципах карательной политики: «Все руководящие учреждения армии — Реввоенсовет, Политотдел, Особый отдел, Ревтрибунал должны твердо установить и провести в жизнь то правило, что ни одно преступление в армии не остается не наказанным. Разумеется, кара должна быть строго сообразована с действительным характером преступления или проступка. Приговоры должны быть таковы, чтобы каждый красноармеец, читая о них в своей газете, ясно понимал их справедливость и необходимость для поддержания боеспособности армии. Наказания должны следовать как можно скорее за преступлением».
В укреплении дисциплины нуждалась не только рядовая масса, но и комсостав и даже комиссары. Вождь Красной Армии Троцкий в этом отношении был готов идти до конца, вплоть до расстрелов партийных работников. Именно по его распоряжению был назначен трибунал, приговоривший к расстрелу командира 2-го Петроградского полка Гнеушева, комиссара полка Пантелеева и каждого десятого красноармейца, которые с частью полка бросили позиции и бежали на пароходе из-под Казани летом 1918 года. Этот случай вызвал дискуссию в партии о допустимости расстрелов партработников и волну критики в адрес Троцкого. Резонансное дело дает основания полагать, что расстрелы членов партии были все же явлением исключительным и единичным.
Еще одним средством устрашения, фактически не нашедшим, однако, реального применения в Красной Армии, стали распоряжения о взятии в заложники семей перебежчиков из числа военспецов.