27 января белые казнили парламентеров Тряпицына. Бои закипели с новой силой. Когда положение интервентов стало безнадежным, они заявили, что готовы придерживаться нейтралитета. 29 февраля красные вошли в Николаевск-на-Амуре. Здесь были установлены порядки, мало отличавшиеся от других городов, занятых красными. Тряпицын считал, что в зоне военных действий говорить об установлении анархии не приходится. Исполком совета занялся организацией снабжение населения и… сбором экспонатов для краеведческого музея. Власть в Николаевске была многопартийной — было создано Бюро левых советских партий, в которое входили большевики, анархисты и максималисты. Была установлена твердая дисциплина, наказания за пьянство и мародерство — вплоть до расстрела.
В это время по инициативе РКП(б) началось формирование буфера между Советской Россией и Японией, каковым должна была стать формально независимая Дальневосточная республика (ДВР). ДВР должна была строиться на многопартийной основе. Гражданская война в Приморье на время прекратилась, партизанские отряды вошли в города и сосуществовали с остатками белых сил. Японцы рассматривали сложившуюся ситуацию через призму задачи закрепиться на Дальнем Востоке. Буфер под контролем левых сил их не устраивал, им нужно было марионеточное прояпонское правительство.
Особенно японцев интересовал Сахалин, северная часть которого принадлежала России, и его административная столица — расположенный на материке Николаевск-на-Амуре. Выманив партизан в города, японцы завершали подготовку к удару по красным на Дальнем Востоке. В ночь на 12 марта японцы внезапно напали на армию Тряпицына, вероломно нарушив соглашение о нейтралитете. Из-за применения японцами зажигательных ракет в деревянном Николаевске возникли пожары. Тряпицын был дважды ранен в ногу. В этой обстановке командир Рогозин расстрелял заключенных тюрьмы.
Натиск японцев удалось отбить, к 15 марта их батальон был уничтожен. В плен попали 128 японцев, в основном обслуживающий персонал оккупационных сил, в том числе женщины из публичного дома.
После этого инцидента Тряпицын по радио стал выступать против перемирия с японцами, предупреждая, что они могут нарушить его в любой момент и устроить резню. Тряпицын выступал и против идеи буфера, который дает возможность белым готовить вероломное нападение вместе с японцами. «Злопыхатели много времени спустя будут обвинять уже мертвого Тряпицына в подстрекательстве к войне с Японией. К сожалению, апрельские события подтвердили правоту Тряпицына и его штаба», — комментирует историк Г. Левкин. Предупреждения Тряпицына вызвали у лидеров коммунистов раздражение — ведь и в РКП(б) на Дальнем Востоке было немало противников как буфера, так и переговоров с японцами, которые могли оказаться ловушкой. Агитация Тряпицына могла сорвать игру.
Тряпицын не убедил лидеров приморских большевиков. Многим из них это будет стоить жизни. Игру сорвали японцы. В ночь на 5 апреля, в разгар переговоров о выводе японских войск с Дальнего Востока, японцы начали резню красных на Дальнем Востоке — Николаевск был только репетицией. Погибло более 7000 человек, в том числе лидер приморских партизан Сергей Лазо.
22 апреля, выстраивая армию ДВР после первого японского удара, главком Генрих Эйхе назначил Тряпицына командующим Охотским фронтом, в зону ответственности которого входил и Хабаровск. Это показывает, что красное командование рассчитывало, что именно армия Тряпицына, как лучше всего сохранившаяся после удара японцев, будет наступать на Хабаровск.
Но японцы не были намерены отдавать Тряпицыну инициативу и высадились под Николаевском. Естественный путь отступления для него был в сторону Хабаровска, но тогда на Амуре армия Тряпицына была бы зажата с двух сторон — от Хабаровска шли японские канонерки с десантом. Комфронта находит остроумное решение — отступать на реку Амгунь, впадающую в Амур. Таким образом, фронт красных располагался близ Николаевска, сковывая японцев, тыл располагался в селе Керби — достаточно далеко от Николаевска и от моря, что исключало его быстрый захват японцами. Но в случае поражения Охотского фронта все равно оставалась возможность отступать на занятый красными Благовещенск. Во всех отношениях удачная позиция, если бы речь шла только о войне с Японией.