Особенно большие усилия противник прилагал для ликвидации захваченных плацдармов на левом берегу Немана. С 16 по 27 июля в полосе Алитус– Гродно шли ожесточенные бои. Несмотря на ежедневные контратаки вражеской пехоты, поддерживаемой артиллерией, танками и авиацией, несмотря на имевшиеся значительные потери личного состава, наши воины не только отражали сильные удары противника, но и продолжали расширять захваченные плацдармы, переправляя на них артиллерию и вторые эшелоны дивизий и корпусов. С боями продвигались на запад и войска правого крыла фронта, которые 22 июля овладели населенным пунктом Пренай, 24 июля – Укмерге, на следующий день выбили противника из Кедайняй, неуклонно приближаясь к Каунасу.
А с 28 июля, сосредоточив резервы и подтянув артиллерию, в наступление с захваченных на реке Неман плацдармов перешли и войска центра и левого крыла 3-го Белорусского фронта. Прорвав вражескую оборону, наши части за первые два дня наступления продвинулись на 5—17 км.
С боями, преодолевая упорное сопротивление частей моторизованной дивизии «Великая Германия», в направлении Ионавы продвигались бригады 5-й гвардейской танковой армии. Тяжелый бой произошел 29 июля в районе Наровникишки, в ходе которого погибли командиры 3-й и 19-й гвардейских танковых бригад полковники К.А. Гриценко и Г.А. Холодзеев. На следующий день танкисты, взаимодействуя с частями 5-й армии генерала Крылова, освободили Ионаву, продолжая продвигаться в направлении Бабтай.
30 июля в полосе действий соединений 33-й армии в прорыв был введен 2-й гвардейский танковый корпус, который через Пренай двинулся в направлении Вейверяй, выходя на южные подступы к Каунасу.
К исходу 31 июля бригады 5-й гвардейской танковой армии прорвались к реке Невежис в районе Бабтая, охватывая с севера вражескую группировку войск. Под угрозой окружения немцы в ночь на 1 августа начали вывод своих частей из Каунаса. Обнаружив начавшийся вражеский отход, на преследование немедленно перешли части 5-й армии генерала Крылова. Первыми в город ворвались подразделения 63-й стрелковой дивизии, поддерживаемые подразделениями тяжелого танкового полка, вслед за которыми на улицы Каунаса стремительно вошли и другие части.
Преодолевая упорное сопротивление оставленных вражеских заслонов, советские воины занимали дом за домом, улицу за улицей, форт за фортом. К 7 часам утра 1 августа город был полностью освобожден от врага.
Ожесточенное сражение разгорелось южнее Каунаса в районе Гарлявы, где отходящие колонны противника наткнулись на огонь вышедших в этот район наших подразделений. Развернувшись в боевой порядок, немцы танками, самоходными орудиями и пехотой атаковали позиции советских воинов. Несколько часов длился бой, но полностью уничтожить отходящую каунасскую группировку врага нашим войскам не удалось, хотя ей и был нанесен довольно ощутимый урон.
В сражении за Каунас противник потерял свыше 8000 солдат и офицеров, 36 танков и самоходных орудий, 76 артиллерийских орудий, 47 минометов, 20 бронеавтомобилей, 140 автомашин. В качестве трофеев было захвачено 17 танков, 63 орудия, 56 минометов, 244 пулемета, а также 26 различных складов с оружием, боеприпасами, продовольствием и военным имуществом. В плен было взято 1200 солдат и офицеров вермахта.
К концу июля войска фронта генерала Черняховского вышли на рубеж Кедайняй, западнее Каунаса, Капсукас, Лаздияй, восточнее Сейны и Августова, продолжая продвигаться к границам Восточной Пруссии.
Закончив сосредоточение прибывших из резерва Ставки соединений 2-й гвардейской и 51-й армий, проведя необходимую перегруппировку войск, в наступление 20 июля перешел и 1-й Прибалтийский фронт, получив задачу ударом в направлении Шяуляя и Риги перерезать сухопутные коммуникации войск группы армий «Север» с Восточной Пруссией. Введенные на левом фланге фронта войска генералов Чанчибадзе и Крейзера наносили удары в направлениях Расейняй, Цитовяны и Шяуляй, Ионишкис, 43-я армия действовала в направлении Биржай, Бауска.
Ввод свежих сил благоприятно сказался на ходе боевых действий левого крыла фронта. После мощной артиллерийской и авиационной подготовки наши части быстро прорвали оборону немецких корпусных групп «Клеффель» и «Ривальд» и перешли на преследование отходящего противника. Уже 22 июля соединения 51-й армии во взаимодействии с бригадами 1-го танкового корпуса и партизанскими отрядами освободили Паневежис, продолжая продвигаться в направлении Шяуляя, а части 2-й гвардейской армии выбили врага из города Рагува. Некоторого успеха добились и войска 43-й армии, перерезавшие железную дорогу Паневежис – Даугавпилс.
Утром 23 июля возобновили наступление и соединения правофланговой 6-й гвардейской армии, которые, тесно взаимодействуя с войсками 2-го Прибалтийского фронта, с тяжелыми боями продвигались к Даугавпилсу, отражая предпринимаемые противником сильные контрудары.