Во главе всей организации стоит ведомство, называющееся «Университетом» (l’Université), а управляет этим ведомством главный начальник его — Grand-Maître de l’Université (теперь это название сохранено за министром народного просвещения). «Университет» при Наполеоне заведовал: 1) высшей школой и 2) лицеями — школой средней. При Наполеоне основывались только высшие специальные школы, преимущественно для подготовки техников, инженеров, нотариусов, чиновников судебных, чиновников административных, чиновников финансового ведомства и т.д. Дисциплина была суровая, чисто военная, экзамены очень строгие. Что касается лицеев, то они были созданы прежде всего для подготовки офицеров. Человек, кончивший лицей, принимался по дополнительному экзамену в специальные высшие военные школы. На государственную службу по гражданским ведомством принимали по окончании лицея, не требуя дальнейшего образования, но, конечно без тех прав по службе и той карьеры, которая ожидала окончивших после лицея ещё ту или иную высшую школу.
Наполеон любил хвалиться тем, что покровительствует наукам. Он осыпал милостями математиков, химиков, астрономов, физиков, очень благосклонен был к египтологам, потому что начало научной египтологии связывалось с его походом в Египет.
Но от науки он требовал реальных результатов и ценил чисто утилитарные результаты научной деятельности. Он хотел прежде всего, чтобы наука способствовала «славе империи» (он это высказал в письме к Лапласу в июле 1812 г. из Витебска). Тогда даже такие абстрактные науки, как астрономия, тоже могут пригодиться. Но исторических наук он не любил и относился к ним с подозрительностью. Он, например, терпеть не мог римского историка Тацита за то, что Тацит непочтителен к римским цезарям. Философия, особенно просветительная, была для него ненавистной «идеологией»; политическую экономию он считал шарлатанством (особенно учение физиократов); философа Канта он тоже считал шарлатаном. Преподавание в университете и в средней школе при нём имело строжайший утилитарный, преимущественно технический, уклон.
Наполеон поставил себе прежде всего сознательной целью искоренить, по возможности, всякие воспоминания о только что окончившейся революционной эпохе, не только о ненавистной ему революционной «идеологии», но даже об исторических фактах, о событиях революционных лет. Воспрещено было не только писать о революции, но даже упоминать о ней или о деятелях того времени. Никакого Робеспьера не было, Марата не было, Бабёфа не было, даже Мирабо не было никогда на свете. Когда в 1807 г. однажды в Парижской академии кто-то очень благонамеренно поговорил случайно о Мирабо, то Наполеон разгневался и написал министру полиции: «Не дело президента учёного общества говорить о Мирабо». Запрещено было в печати самое слово «революция». Своё убеждение, что «для управления печатью нужны хлыст и шпоры», Наполеон начал осуществлять, как мы указывали, с первых дней своей власти. Уже через два с небольшим месяца после 18 брюмера Наполеон постановлением 27 нивоза закрыл без объяснения причин 60 газет и оставил в живых лишь 13. Но и эти 13 скоро свелись к четырём. Четыре газеты очень небольшого формата (англичане называли их «носовыми платками») заполнялись настолько ничтожным содержанием, что их мало кто и читал. Наполеон не только не хотел, чтобы, например, его пресса вела
В 1810 г. некто Баррюэль-Боверд рискнул написать книгу «Деяния философов и республиканцев». Автор уповал, что если уж так неистово, последними словами ругать революционеров, как он их ругает, если уж до такого самозабвения льстить при этом Наполеону, как он льстит, то дело пройдёт гладко и книга выйдет в свет. Но он ошибся: книга была воспрещена и конфискована «за тягостные воспоминания, которые она пробуждает». Так было сказано в официальной бумаге.[Нац. apx. F7 3458, 7 décembre 1810, № 579.]