К роялистам у него было отношение примирительное, он открыто обнаруживал готовность к мирным переговорам. Консульская администрация охотно брала на службу заведомых роялистов, подчёркивая, что, если они соглашаются служить Бонапарту, значит, они уже тем самым заслуживают снисходительного отношения. Бонапарт уже своими амнистиями отдельным эмигрантам показывал, что роялистам он согласен многое и многое простить и забыть.
Но совсем не то было с якобинцами. Их Наполеон в самом деле ненавидел, в самом деле преследовал. Ведь сам-то он никогда революционером не был, и для него временная близость с братом Робеспьера и с якобинцами была просто-напросто тактикой карьериста. Деспот по натуре, самодержец с ног до головы, сознательно державший курс после 18 брюмера на создание в том или ином виде крупнобуржуазной монархии, Наполеон не мог полностью оценить в прошлом якобинцев той колоссальной заслуги, которую они имели в истории Французской революции и которая состояла не более и не менее, как в спасении революции в самый для неё опасный момент. Мало того, в полном согласии с тем крупнобуржуазным классом, интересы которого он поддерживал. Наполеон усвоил себе манеру отмечать в якобинской диктатуре прежде всего её репрессивный, резко насильственный характер, умалчивая и о причинах, делавших это явление неизбежным, и о последствиях, спасших революционную Францию. И не зная, как похуже выругать в 1812 г. Ростопчина, сжёгшего Москву, Наполеон назвал его «русским Маратом», приравнивая человека, отдавшего свою жизнь за революцию, к московскому барину, крепостнику, для которого спасение России совпадало со спасением крепостного права и который участвовал в защите родины лишь гаерскими, балаганными «афишками» и тем, что без нужды и толка путался под ногами Кутузова и посылал на Кутузова доносы царю. Наполеону политически выгодно было, чтобы в умах нового поколения якобинская диктатура ассоциировалась исключительно с кровопролитием и всякого рода ужасами и ни с чем более.
А между тем своим ясным умом он не мог начисто отрицать исторической заслуги этой диктатуры. Наполеон ненавидел якобинцев, но о якобинской диктатуре 1793–1794 гг. прямо заявил однажды, что Конвент спас Францию. А вот Людовика XVI он в самом деле презирал от всей души, как всегда презирал всякую слабость. «Предупредите эту женщину, что я — не Людовик XVI», — сказал он, когда узнал, что г-жа Сталь слишком много разговаривает в своём салоне.
И именно зная, что наиболее непреклонные и непримиримые, хоть и притаившиеся враги его находятся среди уцелевших ещё бывших якобинцев, он гнал их беспощадно.
Преследование якобинцев, в сущности, как началось после 18 брюмера, так и не прекращалось до конца империи, временами лишь ослабевая.
Аресты якобинцев или лиц, подозреваемых в близости к ним, происходили и в столице и в провинции, и притом в провинции ещё больше, чем в столице. Местная уцелевшая аристократия, вернувшиеся амнистированные эмигранты, местная зажиточная буржуазия, а в деревне новое, собственническое крестьянство — все они, зная наперечёт былых деятелей местных отделений Якобинского клуба, былых должностных лиц робеспьеровских времён, теперь беспощадно и сторицей расплачивались со своими врагами. Когда, при деятельнейших провокаторских усилиях со стороны политической полиции, удалось ускорить «покушение» 10 октября 1800 г., т.е. удалось в здании оперы арестовать четырёх человек с кинжалами, шедших к ложе первого консула, то не только были казнены эти четыре человека, но по всей Франции были произведены массовые аресты «якобинцев». Большинство арестованных либо никогда уже не вернулось на родину, либо вернулось спустя много лет сломленными людьми. Кое-кто погиб в тюрьме («самоубийства» политических заключённых были в большом ходу в те времена), другие погибли в Кайенне, в американской ссыльно-каторжной колонии Франции. А спустя месяц после этого «покушения» полиция Фуше арестовала (18 ноября 1800 г.) настоящего якобинца Шевалье, который подготовлял взрыв. Новая волна арестов и высылок поднялась по всей стране. Хватали направо и налево, хотя арестуемые никакого понятия не имели о Шевалье и его замыслах. Мало того, когда в декабре того же 1800 г. произошло в самом деле серьёзное покушение на жизнь первого консула, то — хотя эта «адская машина» была организована исключительно роялистами и якобинцы абсолютно ни малейшего касательства к делу не имели — Наполеон и этим покушением тоже воспользовался для новых страшных гонений против якобинцев.