Поход в Сирию был страшно тяжёл, особенно вследствие недостатка воды. Город за городом, начиная от Эль-Ариша, сдавался Бонапарту. Перейдя через Суэцкий перешеек, он двинулся к Яффе и 4 марта 1799 г. осадил её. Город не сдавался. Бонапарт приказал объявить населению Яффы, что если город будет взят приступом, то все жители будут истреблены, в плен брать не будут. Яффа не сдалась. 6 марта последовал штурм, и, ворвавшись в город, солдаты принялись истреблять буквально всех, кто попадался под руку. Дома и лавки были отданы на разграбление. Спустя некоторое время, когда избиения и грабёж уже подходили к концу, генералу Бонапарту было доложено, что около 4 тысяч уцелевших ещё турецких солдат при полном вооружении, большей частью арнауты и албанцы по происхождению, заперлись в одном обширном, со всех концов загороженном месте и что когда французские офицеры подъехали и потребовали сдачи, то эти солдаты объявили, что сдадутся только, если им будет обещана жизнь, а иначе будут обороняться до последней капли крови. Французские офицеры обещали им плен, и турки вышли из своего укрепления и сдали оружие. Пленников французы заперли в сараи. Генерал Бонапарт был всем этим очень разгневан. Он считал, что совершенно незачем было обещать туркам жизнь. «Что мне теперь с ними делать? — кричал он. — Где у меня припасы, чтобы их кормить?» Не было ни судов, чтобы отправить их морем из Яффы в Египет, ни достаточно свободных войск, чтобы конвоировать 4 тысячи отборных, сильных солдат через все сирийские и египетские пустыни в Александрию или Каир. Но не сразу Наполеон остановился на своём страшном решении… Он колебался и терялся в раздумье три дня. Однако на четвёртый день после сдачи он отдал приказ всех их расстрелять. 4 тысячи пленников были выведены на берег моря и здесь все до одного расстреляны. «Никому не пожелаю пережить то, что пережили мы, видевшие этот расстрел», — говорит один из французских офицеров.
Тотчас после этого Бонапарт двинулся дальше, к крепости Акр, или, как французы её чаще называют, Сен-Жан д’Акр. Турки называли её Акка. Особенно мешкать не приходилось: чума гналась по пятам за французской армией, и оставаться в Яффе, где и в домах, и на улицах, и на крышах, и в погребах, и в садах, и в огородах гнили неприбранные трупы перебитого населения, было, с гигиенической точки зрения, крайне опасно.
Осада Акра длилась ровно два месяца и окончилась неудачей. У Бонапарта не было осадной артиллерии; обороной руководил англичанин Сидней Смит; с моря англичане подвозили и припасы и оружие, турецкий гарнизон был велик. Пришлось, после нескольких неудавшихся приступов, 20 мая 1799 г. снять осаду, за время которой французы потеряли 3 тысячи человек. Правда, осаждённые потеряли ещё больше. После этого французы пошли обратно в Египет.
Тут следует отметить, что Наполеон всегда (до конца дней) придавал какое-то особое, фатальное значение этой неудаче. Крепость Акр была последней, самой крайней восточной точкой земли, до которой суждено ему было добраться. Он предполагал остаться в Египте надолго, велел своим инженерам обследовать древние следы попыток прорытия Суэцкого канала и составить план будущих работ по этой части. Мы знаем, что он писал воевавшему как раз тогда против англичан майсорскому султану (на юге Индии), обещая помощь. У него были планы сношений и соглашений с персидским шахом. Сопротивление в Акре, беспокойные слухи о восстаниях сирийских деревень, оставленных в тылу, между Эль-Аришем и Акром, а главное, невозможность без новых подкреплений так страшно растягивать коммуникационную линию — всё это положило конец мечте об утверждении его владычества в Сирии.
Обратный путь был ещё тяжелее, чем наступление, потому что был уже конец мая и приближался июнь, когда страшная жара в этих местах усиливалась до невыносимой степени. Бонапарт останавливался не надолго, чтобы так же жестоко, как он всегда это делал, покарать сирийские деревни, которые находил нужным покарать.
Любопытно отметить, что во время этого тяжкого обратного пути из Сирии в Египет главнокомандующий делил с армией все трудности этого похода, не давая себе и своим высшим начальникам никакой поблажки. Чума наседала всё более и более. Чумных оставляли, но раненых и больных не чумой брали с собой дальше. Бонапарт велел всем спешиться, а лошадей, все повозки и экипажи предоставить под больных и раненых. Когда после этого распоряжения его главный заведующий конюшней, убеждённый, что для главнокомандующего должно сделать исключение, спросил, какую лошадь оставить ему, Бонапарт пришёл в ярость, ударил вопрошавшего хлыстом по лицу и закричал: «Всем идти пешком! Я первый пойду! Что, вы не знаете приказа? Вон!»