Но ещё до начала леобенских переговоров Бонапарт покончил с Римом. Папа Пий VI, враг и непримиримый ненавистник Французской революции, смотрел на «генерала Вандемьера», ставшего главнокомандующим именно в награду за истребление 13 вандемьера благочестивых роялистов, как на исчадие ада и всячески помогал Австрии в её трудной борьбе. Как только Вурмзер сдал французам Мантую с 13 тысячами гарнизона и с несколькими сотнями орудий и у Бонапарта освободились войска, прежде занятые осадой, — французский полководец отправился в экспедицию против папских владений.
Папские войска были разгромлены Бонапартом в первой же битве. Они бежали от французов с такой быстротой, что посланный Бонапартом в погоню за ними Жюно не мог их догнать в продолжение двух часов, но, догнав, часть изрубил, часть же взял в плен. Затем город за городом стали сдаваться Бонапарту без сопротивления. Он брал все ценности, какие только находил в этих городах: деньги, бриллианты, картины, драгоценную утварь. И города, и монастыри, и сокровищницы старых церквей предоставили победителю громадную добычу и здесь, как и на севере Италии. Рим был охвачен паникой, началось повальное бегство состоятельных людей и высшего духовенства в Неаполь.
Папа Пий VI, охваченный ужасом, написал Бонапарту умоляющее письмо и отправил с этим письмом кардинала Маттеи, своего племянника, и с ним делегацию просить мира. Генерал Бонапарт отнёсся к просьбе снисходительно, хотя сразу же дал понять, что речь идёт о полной капитуляции. 19 февраля 1797 г. уже был подписан мир с папой в Толентино. Папа уступал очень значительную и самую богатую часть своих владений, уплачивал 30 миллионов франков золотом, отдавая лучшие картины и статуи своих музеев. Эти картины и статуи из Рима, так же как ещё раньше из Милана, Болоньи, Модены, Пармы, Пьяченцы, а позже из Венеции, были отправлены Бонапартом в Париж. Перепуганный до последней степени папа Пий VI моментально согласился на все условия. Сделать это ему было тем легче, что Бонапарт в его согласии нисколько и не нуждался.
Почему Наполеон уже тогда не сделал того, что он совершил несколько лет спустя? Почему он не занял Рим, не арестовал папу? Это объясняется, во-первых, тем, что ещё предстояли мирные переговоры с Австрией, а слишком крутой поступок с папой мог взволновать католическое население центральной и южной Италии и создать этим для Бонапарта необеспеченный тыл. А, во-вторых, мы знаем, что за время этой блестящей первой итальянской войны с её непрерывными победами над большими, могущественными армиями грозной тогда Австрийской империи у молодого генерала была одна такая бессонная ночь, которую он всю прошагал перед своей палаткой, впервые задавая себе вопрос, который раньше не приходил ему в голову: неужели всегда ему и впредь придётся побеждать и завоёвывать новые страны для Директории, «для этих адвокатов»?
Много лет должно было пройти и много воды и крови должно было утечь, пока Бонапарт рассказал об этом своём уединённом ночном размышлении. Но ответ на этот заданный себе тогда вопрос он, конечно, дал вполне отрицательный. И в 1797 г. 28-летний завоеватель Италии уже видел в Пие VI не запуганного, трепещущего хилого старика, с которым можно было сделать, что угодно: Пий VI был для Наполеона духовным повелителем многих миллионов людей в самой Франции, и всякий, кто думает об утверждении своей власти над этими миллионами, должен считаться с их суевериями. Наполеон на церковь в точном смысле этого слова смотрел как на удобное полицейско-духовное орудие, помогающее управлять народными массами; в частности католическая церковь, с его точки зрения, была бы особенно удобна в этом отношении, но, к сожалению, она всегда претендовала и продолжает претендовать на самостоятельное политическое значение, и всё это в значительной степени оттого, что она обладает законченной и совершенной, стройной организацией и повинуется как верховному владыке папе.
Что касается именно папства, то к нему Наполеон относился как к выработавшемуся исторически и укрепившемуся почти двумя тысячелетиями чистейшему шарлатанству, которое выдумали в своё время римские епископы, ловко воспользовавшись благоприятными для них местными и историческими условиями средневековой жизни. Но, что и такое шарлатанство может быть серьёзнейшей политической силой, это он понимал очень хорошо.
Смирившийся, потерявший лучшие свои земли, трепещущий папа уцелел пока в Ватиканском дворце. Наполеон не вошёл в Рим; он поспешил, покончив дело с Пием VI. обратно в северную Италию, где нужно было заключить мир с побеждённой Австрией.