Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни своего пребывания в Москве он продолжал видеть в восставшем народе союзника. Представители столичного населения были приглашены на соборный суд, чтобы нейтрализовать возможные выступления приверженцев Шуйских. В высшем государственном органе — Боярской думе — Шуйские имели много сторонников, и самозванец опасался их происков.
С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. По «Новому летописцу», он объявил членам собора: «…умышляют сии на меня». С. Немоевский записал со слов секретаря Лжедмитрия обширную обвинительную речь «государя». Род князей Шуйских, утверждал самозванец, всегда был изменническим по отношению к московской династии: блаженной памяти отец Иван семь раз приказывал казнить своих изменников Шуйских, а брат Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. Фактически Лжедмитрий отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских, заключил он, намеревались осуществить переворот своими силами: «…подстерегали, как бы нас, заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы».
«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника.
Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены «думы» и освященного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б.Я. Бельского, П.Ф. Басманова, М.Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил автор «Нового летописца», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. —
Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о Расстриге и пр. —
Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии., яко на битву» (по словам Массы, стрельцов было 8 тыс.).
На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин П.Ф. Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о преступлениях Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.
Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «поделом» был. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П.Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании.
В Москве много говорили о том, что прощения Шуйскому добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, поляки братья Бучинские, Слонский и др.
Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля 1605 г., когда ее привезли в Москву. Очевидно, Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки.