Но королева не склонна была проявлять милосердие к подданным, которые проявляют неуважение к ее королевскому сану. Она была неумолима. Изабелла отказалась принять во внимание доводы защитника и подвергла провинившегося унижению: его провели в тюрьму по улицам города в сопровождении конвоя. Короткое время спустя она сослала его на Сицилию, запретив возвращаться в Испанию под страхом жесточайшего наказания.
Однако случилось так, что дон Рамиро де Гусман не посчитал свою честь достаточно отомщенной изгнанием врага. Однажды ночью, когда двор выехал в Медину-дель-Кампо, он вместе с несколькими своими сторонниками устроил засаду и напал на адмирала, чтобы вернуть тому побои, понесенные от его сына. От этого унижения адмирала спас его эскорт. Но когда Изабелла услышала об этом происшествии, она объявила Рамиро бунтовщиком, конфисковала его земли в Леоне и Кастилии и арестовала бы его самого, если бы, спасаясь от гнева королевы, он не сбежал в поисках убежища в Португалию».
Не менее решительными были ее действия в отношении прославленного дворянства Сантьяго.
В Испании существовало тогда три военно-религиозных ордена: рыцарство Алькантара, безбрачное рыцарство Калатрава, ставшее преемником рыцарства Тамплиеров, и рыцарство Сантьяго. Последний орден был основан для зашиты паломников, направлявшихся в Компостеле, чтобы поклониться мощам Святого Иакова-апостола, который первым принес христианское учение на Пиренейский Полуостров (
Это мнение она взялась отстаивать в 1476 году, когда смерть дона Родриго Манрике оставила сей пост вакантным. По своему обыкновению Изабелла без долгих колебаний села на лошадь и отправилась в Уэте, где состоялось собрание членов ордена с целью избрания нового Великого магистра, и там решительно заявила, что на столь славный и могущественный пост может быть избран только король.
Это предложение не вызвало у рыцарей восторга: Фердинанд был арагонцем и оставался для кастильцев чужеземцем, несмотря на то, что два королевства объединились. Однако благодаря настойчивости Изабеллы удалось найти компромисс. Собрание согласилось избрать Фердинанда на пост Великою магистра при условии, что в качестве своего представителя он назначит кастильского дворянина, дабы исполнять обязанности, соответствующие этой должности. На этом и порешили. Алонсо де Карденас – верный подданный сюзерена – был назначен королевским представителем. Таким образом. Изабелла добилась, чтобы назначение Великого магистра влиятельнейшего рыцарского ордена стало королевской прерогативой.
Еще более, чем в любом из упомянутых выше случаев, решительная и смелая натура королевы проявилась при разгроме мятежа, вспыхнувшего в Сеговии в начале ее царствования.
Во время войны с Португалией католические сюзерены поручили свою старшую дочь, принцессу Изабеллу, заботам Андреса де Кабрера – сенешаля40 замка в Сеговии – и его жены, Беатрис де Бобадилья. Кабрера, человек требовательный и беспристрастный, в свое время сместил с должности лейтенанта Алонсо Мальдонадо, заменив его братом своей жены Педро де Бобадилья. Мальдонадо устроил заговор, чтобы отомстить за себя. Он испросил у Бобадильи разрешения забрать несколько каменных глыб из замка под предлогом, что они требуются ему для его собственного дома, и послал несколько своих людей, чтобы вывезти их. Эти люди, спрятав под одеждой оружие, проникли в замок, зарезали часового и пленили самого Бобадилью, тогда как Мальдонадо с остальными своими людьми захватил замок. Обитатели, услышав шум, бежали в крепостную башню вместе с инфантой, которой к тому времени исполнилось пять лет. Укрепившись там, они отразили натиск Мальдонадо. Наткнувшись на эту преграду, мятежник приказал выставить Бобадилью вперед и пригрозил осаждённым, что, если они не сдадутся, он тут же казнит пленного.
На эту угрозу Кабрера твердо ответил, что ни в коем случае не откроет ворота перед бунтовщиками.