Ни один из претендентов не получил желаемой должности сразу, Митинага стал сэссё только в 1016 году и пробыл им меньше двух лет, что не помешало ему быть практически главой государства в течение тридцати лет. Он расправился с Корэтика, который был сослан на Кюсю, и хотя в 997 году вернулся ко двору, уже не смог отвоевать своих прежних позиций. В 999 году свою дочь Сёси (988–1074) Митинага сделал женой императора, а на следующий год она была провозглашена императрицей (тюгу), несмотря на то, что у императора уже была жена-императрица (кого). Это был первый случай, когда у одного императора было две жены-императрицы. Император Итидзё отрекся от престола в 1011 году, императором стал Сандзё, сын Рэйдзэй и племянник Митинага, а наследником престола один из двух сыновей Сёси (будущий император Гоитидзё (1008–1036, пр. 1016–1036)), внук Митинага. Поскольку мать Сандзё (сестра Митинага) уже давно умерла, между дядей и племянником не было близких отношений. Сандзё взошел на престол тридцатипятилетним, и вполне мог проводить независимую политику. Еще до восхождения Сандзё на престол дочь двоюродного дяди Митинага Фудзивара-но Наритоки (941–995) — Сэйси (972–1027) — родила ему четырех сыновей, однако Митинага сделал свою дочь Кэнси (994–1027) женой императора, вскоре, как и в истории с предыдущим императором, дочь Митинага стала императрицей (тюгу), несмотря на то, что двумя месяцами раньше Сэйси уже была назначена кого. Давление на Сандзё со стороны Митинага было постоянным — ведь он стоял на пути Митинага к безраздельной власти. К тому же после перенесенной болезни император ослеп. В 1016 году он отрекся от престола в обмен на то, что наследником был назначен его сын от дочери Наритоки принц Ацуакира (994–1051). Возможно, договор и был бы выполнен, будь Садзё жив ко времени отречения Гоитидзё (при восшествии на престол он был восьмилетним мальчком), но Сандзё умер в 1017 году. Через три месяца после его смерти принцу Ацуакира был присвоен титул экс-императора (Коитидзё-ин — экс-император Коитидзё) и был назначен новый наследник, брат Гоитидзё, второй внук Митинага — Госудзаку (1009–1045, пр. 1036–1045). Богатый на дочерей Митинага выдал еще одну из них за Коитидзё-ин, а в 1018 году его девятнадцатилетняя дочь Иси (999–1036) стала женой-императрицей (кого) десятилетнего Гоитидзё, а еще через три года дочь Киси (1007–1025) стала женой наследного принца (заметим, что оба мужа приходились женам родными племянниками). Жены подарили Митинага семь сыновей и восемь дочерей, а дочери в свою очередь были счастливы рождением мальчиков. Митинага описал свой жизненный триумф в стиxаx:
В 850 году из девятнадцати высших должностных лиц государства четверо высших министров были Фудзивара, в 872 году (год смерти Ёсифуса) из восемнадцати — семь, сто лет спустя в 972 году из девятнадцати — одиннадцать, а в 1028 году (год смерти Фудзивара Митинага) из двадцати пяти — двадцать два), а оставшиеся три — из Минамото, но все они были связаны с Митинага через жен.
В 1017 году Митинага передал регентство своему старшему сыну Ёримити (992–1028). Ёримити не был так счастлив на детей, как его отец. Его приемная дочь, как и дочь его брата Норимити (996–1075), стали женами Горэйдзэй, но наследников не родили. После восшествия на престол Горэйдзэй в 1045 году наследником был назначен будущий император Госандзё (1034–1073, пр. 1068–1072), мать которого была не из рода Фудзивара, а являлась принцессой императорского дома.
В 1068 году кампаку стал Норимити, а на престол взошел Госандзё. Его правление было недолгим (всего четыре года), но означало конец господства северной ветви Фудзивара. Не связанный прямым кровным родством с кампаку, Госандзё проводил независимую от кампаку политику, к тому же не было и экс-императора, способного влиять на Госандзё. Его политика оказалась прямо направленной на ослабление власти северных Фудзивара, уже в годы правления Горэйдзэй, когда стало ясно, что наследника, прямо связанного с северным домом, нет, северные Фудзивара стали терять свои позиции, и в 1067 году среди кугё (высшая знать) было уже десять Минамото. Среди ближайших советников Госандзё не было северных Фудзивара, он покинул трон в 1072 году, считается, что в первую очередь по болезни, но вероятно, и с далеко идущими политическими планами обеспечить отстранение северных Фудзивара от власти.