О том, что в первые столетия существования Херсонеса уровень моря находился на 3–4 м ниже современного, свидетельствуют и многие древние водозаборные колодцы и водосборные цистерны, находящиеся в пониженном северном районе Херсонесского городища. Их днища находятся ныне намного ниже уровня моря, и в них стоит соленая вода — несомненно, что в прошлом эти сооружения так построены быть не могли, ведь они, конечно, служили для сбора и хранения питьевой пресной воды, т.е. находились на значительно более высоких отметках по отношению к морю.
С конца V по IV в. до н.э. здесь же в прибрежном районе Херсонеса находился и некрополь (городское кладбище), который обычно располагают на возвышенных участках местности. Позже он был ликвидирован, а на его месте возникли городские кварталы. Теперь этот район располагается на уровне современного пляжа, и во время штормов заливается морской водой и забрасывается водорослями и галькой. В зоне прибоя находятся здесь и днища цистерн виноделен, построенных в первых веках новой эры.
Изучая хронологию изменения оборонительных и хозяйственных сооружений Херсонеса, Д.А. Козловский отмечает ряд «мертвых» периодов жизни города, которые он связывает с периодическим затоплением пониженных частей городища. Действительно, в городских напластованиях Херсонеса фиксируются маломощные культурные слои, относящиеся к II–I вв. до н.э., VII–VIII и XIV в.
Такие же пробелы отмечаются и в истории других античных и средневековых городов Северного Причерноморья. Может быть и их гибель связана с фатальными катастрофами — наступлением моря на сушу? И возможно, прав Д.А. Козловский, который пишет: «Затоплением побережий Малой Азии и архипелага островов Эгейского моря при опускании мы склонны объяснить, в полном согласии с Аристотелем, две волны переселения древних греков в Причерноморье, носивших характер бегства от стихийного бедствия».
Можно представить, как огромные волны набегали на берег, море Неудержимо наступало на прибрежную, пониженную часть города, заглатывая одно за другим инженерные сооружения морского порта. Погружались под воду грузовые причалы, волноотбойные молы, маяки, склады, торговые лавки, жилые дома, крепостные стены и башни. Здесь же, на Гераклейском полуострове, в соседних бухтах Стрелецкой и Круглой под воду ушли сельскохозяйственные участки — клеры, ровные прямоугольные участки земли, отгороженные друг от друга каменными межевыми оградами (рис.9).
Конечно, все это в какой-то степени противоречит традиционному объяснению причин «Великой греческой колонизации», которую обычно связывают только с перенаселенностью древнегреческих полисов в метрополии, нехваткой продовольствия, плохими урожаями на каменистой малоплодородной почве Эллады. Однако совсем сбрасывать со счетов геологические причины ни в коем случае нельзя.
Об общем характере катастрофы, постигшей города Херсонесского государства, говорит и то, что вместе с его столицей почти одновременно затонули сооружения других древних поселений западного побережья Крымского полуострова. Ведь древнегреческий Херсонес был полисом, т.е. городом-государством, в подчинении которого находилась хора — группа других небольших городов сельскохозяйственного, торгового и военно-оборонительного назначения (рис.10). Жившие в них греки снабжали Херсонес хлебом, мясом, рыбой, торговали с местным населением. Кроме того, эти небольшие города служили форпостами для защиты столицы от нападения врагов. Со своей стороны Херсонес обязывался защищать подопечные ему территории.