В американских колониях Англии были распространены различные протестантские секты, враждовавшие между собой, поскольку каждая из них объявляла свое вероисповедание единственно истинным. В Вирджинии, Мериленде и Южной Каролине существовала государственная англиканская церковь, духовенство которой подчинялось своим церковным властям, находившимся в Англии. В целом религиозные организации не представляли собой единой монолитной опоры метрополии и насаждавшихся ею полуфеодальных порядков. В ходе революционной войны американцев против англичан в рядах церковников произошло размежевание сил. Если духовенство англиканской церкви почти целиком оказалось на стороне Англии, то внутри сект произошел раскол, в котором решающую роль сыграли экономические и политические симпатии по отношению к Англии и связи с ней отдельных групп сектантов. В результате американская революция не сопровождалась такой острой борьбой с духовенством, как это произошло впоследствии во время французской революции. Деятели американской революции не могли этого не видеть. Напротив, они сознавали, что именно такая борьба лишь отвлекла бы народ от основной цели борьбы — создания независимой республики. Во время войны в демократических слоях американцев (особенно в Вирджинии) возникло сильное движение за провозглашение свободы совести. Важнейшим завоеванием революции в области гражданских прав явилось принятие джефферсоновского законопроекта о религиозной свободе и об отмене государственной церкви. Это была вершина, которой достигла в своей борьбе против господства церкви американская буржуазная демократия. Об отделении школы от церкви, о свободе не только вероисповеданий, но и атеистической деятельности в этом законодательстве не было и не могло быть и речи. Буржуазная мысль на практике не вышла за пределы антиклерикализма и провозглашения веротерпимости.
В творчестве Пейна периода американской революции и начала французской революции упоминание о религии встречается не часто. Для него в то время не эта тема была главной. И все же в своих социально-политических сочинениях Пейн выступил против господствующих религиозных взглядов и против церкви. Он отвергал как ложное утверждение сторонников монархии, будто разделение людей на монархов и подданных предопределено богом (18, стр. 26). По его убеждению, престолонаследие, как и первородный грех, есть не что иное, как нарушение воли всевышнего и естественных прав человека. Пейн разоблачал выдумку о божественном характере светской власти и критиковал самое существование государственной церкви: «К ключам святого Петра присоединились ключи казначейства, а изумленная и обманутая толпа обоготворила эту выдумку» (18, стр. 206).
На первых порах создается впечатление, что в этот период и в «Здравом смысле», и в «Американских кризисах», и в «Правах человека», и в других работах Пейн выступает как христианин. Именно эту мысль подчеркивает в наше время (в 1959 г.) американский историк А. Олдридж: «До „Века разума“ Пейн защищал религию в целом, включая и христианство; после „Века разума“ он отвергает христианство в пользу деизма, или религии природы» (43, стр. 229). Но это не так. Пейн уже в «Американском кризисе, VII» пишет о бессмысленности лозунга «за щитника веры» и не о христианстве, а о «религии человечества», т. е. религии, свойственной всем людям. Такая религия, согласно Пейну, как и все другие интеллектуальные права людей, принадлежит к их естественным правам. Это мыслитель утверждал в «Правах человека», т. е. в 1792 г. Здесь, очевидно, выступала идея бога деистов, а не бога христиан. В «Веке разума» Пейн вспоминает, что в течение нескольких лет собирался опубликовать свои мысли о религии, но, хорошо сознавая трудности, связанные с этим предметом, отложил осуществление замысла до более позднего периода своей жизни (см. 18, стр. 246). Такой период и наступил в разгар революции во Франции.