Первое упоминание о замысле «Таинственного незнакомца» имеется в записи Твена, относящейся к сентябрю 1898 года: «Рассказ о Сатане-младшем, который поселился в Ганнибале и посещал там школу. Те, кто был посвящен в его тайну, дружили с ним и очень его любили. Другие завидовали ему. Девочки не хотели водиться с ним потому, что от него пахло серой. Он часто творил чудеса, его друзья знали, что это чудеса, другие считали, что это фокусы». Продумывая и расширяя план повести, Твен вскоре стал придавать ей чрезвычайное значение; он считал, что в этой книге сумеет высказаться до конца по ряду волновавших его морально-философских вопросов. В мае 1899 года Твен писал Гоуэлсу, что, разделавшись с материальными затруднениями, намерен прекратить литературную работу для заработка и будет писать книгу, о которой давно мечтает, «книгу, в которой я ничем не буду себя ограничивать, не буду считаться с чувствами и предрассудками других... книгу, в которой выскажу все, что думаю, все, что у меня на сердце, все начистоту, без оглядки...» В том же письме Твен сообщает, что уже дважды начинал работу над повестью — и оба раза оказывался на неверном пути, но теперь, как он считает, нашел то, что искал, и намерен довести работу до конца. Однако через восемь лет, в автобиографической записи от 30 августа 1906 года, Твен отмечает, что «Таинственный незнакомец» написан только лишь «более чем наполовину». Твен добавляет: «Я много отдал бы, чтобы довести ее [повесть] до конца. Сознание, что это невыполнимо, причиняет мне истинную боль».
Бернард Де Вото, сменивший Пейна в качестве хранителя твеновского литературного наследия, обнаружил в бумагах писателя два ранних незавершенных варианта «Таинственного незнакомца», о которых Твен упоминает в своем цитированном выше письме к Гоуэлсу. В первом из этих вариантов, непосредственно связанном с твеновской записью 1898 года, Сатана появляется в Ганнибале, родном городе Твена, и рядом с ним выведены Том Сойер и Гек Финн. Во втором варианте действие уже перенесено в средневековую Европу, но автобиографические мотивы, связанные с Ганнибалом и детством Твена, еще сохраняются (так, в средневековой деревне у Твена описана типография примерно такого типа, в какой подростком работал он сам). Публикуя третий вариант «Таинственного незнакомца», также не завершенный Твеном, Пейн добавил к нему в качестве окончания последнюю (11-ю) главу, принадлежавшую, как он полагает, одному из ранних вариантов повести. Де Вото ставит в заслугу Пейну его редакцию «Таинственного незнакомца», считая, что Пейн нашел истинный конец повести; однако решить этот вопрос историки литературы смогут лишь после опубликования всех рукописей Твена, связанных с творческой историей «Таинственного незнакомца».
В опубликованном варианте повести действие происходит в Австрии шестнадцатого века, в деревушке Эзельдорф (Ослиная деревня). Таинственный герой повести, который называет себя Сатаной и обладает чудесной, сверхъестественной силой, вмешивается в жизнь обитателей Эзельдорфа, погрязших в корыстных интересах, убогих верованиях, жестоких и нелепых предрассудках. С тремя мальчиками-подростками, с которыми он дружит, Сатана ведет беседы о несправедливом социальном устройстве общества, о религии, о природе человека и критикует людей за жестокость друг к другу и за трусливое пресмыкательство перед деспотизмом. В «Таинственном незнакомце» нашли наиболее полное выражение горько пессимистические настроения Твена в поздний период его жизни и творчества. Однако было бы неправильно видеть в повести только лишь «пессимистический манифест» Твена, как это делают буржуазные литературоведы. Живая, ищущая мысль Твена не всегда совпадает с безрадостными и фаталистическими выводами «таинственного незнакомца» и порою вступает с ними в противоречие. Следует отметить в этой связи рассуждения Твена в 10-й главе повести 0 грозной и очищаю щей силе смеха в борьбе с предрассудками, затуманивающими сознание людей.
Важно отметить и то, что, невзирая на аллегоричность повести, удаляющую писателя от конкретного изображения жизни, и на то, что действие повести отнесено в прошлое, к XVI столетию, в «Таинственном незнакомце» в той или другой форме затронуты все основные социально-политические проблемы, волновавшие Твена в последние годы его жизни. В 6-й главе повести говорится об эксплуатации рабочего класса; в 9-й Твен разоблачает захватнические войны; в 10-й показан белый колонизатор Индии. По всей повести проходят как лейтмотивы резкий антирелигиозный и антиклерикальный протест, ненависть к угнетателям и эксплуататорам, жажда социальной справедливости.