В 1598 году эскадра под начальством Якова-Корнелия ван Яека и Вибранда ван Вервика основала фактории в Тернате и Ванде. В 1599 году Вервика призвали к себе обитатели острова Амбойна, выведенные из терпения гнетом португальского владычества; в 1600 году Стефан ван дер Гаген обеспечил за голландцами монополию приобретения гвоздики на острове Амбойне; в 1602 году Вольферт Германе — монополию приобретения мускатного цвета и мускатного ореха; в 1605 году Корнелий Мательеф основал форт Оранский в Тернате; в 1623 году произошла знаменитая резня в Амбойне[185]. Как узки были интересы голландцев, можно видеть из того, что 31 января 1652 года они арестовали тернатского царя и увезли его в Батавию, где заставили подписать договор, которым он обязывался уничтожить гвоздичные плантации в своих, владениях. В 1677 году поселение Терната уступило Голландии северный берег Целебеса. В южной части Целебеса первые торговые сношения были завязаны в 1607 году с Макассаром. Португальцы подстрекали местного царя прогнать голландцев, но последние в 1660–1666 годах покорили Макассар; влияние, которым пользовался макассарский царь, перешло к властелину Боне, и по договору, заключенному в Бонге, голландцы приобрели две южные провинции острова, Бантепг и Вулукумпа.
На западном побережье Борнео голландцы в 1609 году основали лавку в Самбасе, в северной части царства Понтианак, основанного Сеидом Абдуррахманом и отданного позднее в пользование голландцам султаном Бантамским в 1771 году; но это побережье было в 1791 году оставлено. На южном берегу Борнео первые фактории для торговли перцем были основаны в Банджер-Массине в 1771 году, на небольшом острове Татасе — в 1747 году. Близ Табанио на реке того же названия был построен форт. В 1787 году султан Банджер-Массины (Тагмид-Алла), которого поддерживала голландская Индийская компания, всецело уступил свои владения; но эта территория была оставлена 29 мая 1809 года по приказанию Дандельса.
Упразднение компании. Войны между Францией и Англией внесли полный беспорядок в управление Индией; 7 февраля 1795 года англичанам удалось убедить Вильгельма V отдать нидерландские владения под покровительство Великобритании. В августе 1796 года генерал-губернатор Биллем-Арнольд Альтинг подал в отставку, и его место занял Питер-Герардус ван Оберстратеп. Совет 17 директоров компании был упразднен, и его функции переданы 1 марта 1798 года новому административному органу — Комитету для заведывания торговлей и нашими (т. е. голландскими) владениями в Ост-Индии.
Маршал Герман-Биллем Дандельс, присланный для того, чтобы привести Яву в оборонительное состояние, обнаружил в делах управления кипучую энергию, стяжавшую ему преувеличенные хвалы и преувеличенное порицание. Кроме того, что беспрестанно возникали столкновения с туземными князьями, надо было вечно быть на страже против алчности Англии. 17 февраля 1811 года бриг «Claudius Civilis» привез известие Дандельсу, что королевство Голландия, сменившее Батавскую республику, присоединено к Франции. Удар был аналогичен тому, какой постиг Португалию, когда Филипп II присоединил ее к Испании; только на этот раз Англия играла по отношению к Голландии такую же роль, какую последняя сыграла по отношению к Португалии.
Занятие Явы англичанами. 16 мая 1811 года Дандельс в Бюитенцорге передал управление генералу Яну-Виллему Янсенсу; 4 августа англичане без труда высадились в Тьи-лентьинге и 8-го заняли Батавию. 18 сентября 1811 года на батарее Кали Тендага Янсенс подписал капитуляцию, в силу которой Ява и все зависящие от нее острова переходили к англичанам. Ост-индский генерал-губернатор граф Минто назначил губернатором Явы сэра Томаса-Стемфорда Рафльса, человека выдающихся дарований, бывшего не только одним из деятельнейших агентов Ост-Индской компании, но и крупным исследователем, который оставил весьма замечательную двухтомную Историю Явы.
Возвращение колоний под власть Голландии. К великому огорчению Рафльса, который надеялся, что Ява останется за англичанами, падение Наполеона дало возможность Голландии получить обратно этот крупный остров. По договору, подписанному виконтом Кэстльри в Лондоне 13 августа 1814 года, все заморские владения, принадлежавшие 1 января 1803 года Батавской республике, должны были быть возвращены Голландскому королевству, исключая Мыса Доброй Надежды, Демерара, Эссеквибо и Бербиса. Возвращение Наполеона с острова Эльбы снова поставило все на карту; только до 19 августа 1816 года Джон Фендол, занимавший вместо Рафльса пост яванского губернатора, наконец спустил английский флаг и передал власть трем голландским комиссарам: Элу, Бюйскесу и генералу Антингу. Генерал-губернатором был назначен барон ван дер Капеллен.