В декабре 1857 года рассказ «Гегемониев» был закончен. Из письма Салтыкова к И. С. Аксакову от 17 декабря 1857 года видно, что в числе написанных к этому времени четырех рассказов «о ветхих людях» (для «Книги об умирающих») был и рассказ о «старом приказном», то есть о Гегемониеве. Первоначально он не имел своего заглавия. Весь цикл, включающий «Гегемониева», «Зубатова», «Два отрывка из «Книги об умирающих», назывался «Отходящие» и имел приведенный выше эпиграф. Вслед за эпиграфом шли четыре рассказа, перенумерованные римскими цифрами. В 1859 году, подготавливая рассказ к печати, Салтыков в значительной степени переработал его. Сохранившаяся рукопись рассказа с упоминанием о Зубатове («об административных подвигах которого мы имели счастье в недавнем времени докладывать нашим читателям») позволяет отнести доработку рассказа к апрелю 1859 года, то есть ко времени между появлением в печати «Зубатова» (март) и «Гегемониева» (май).
Переработка рассказа в 1859 году прежде всего коснулась его экспозиционной части. В первоначальной редакции вступительная часть рассказа была предельно кратка и не могла дать ясного представления о той среде, в которой растут и формируются подобные Гегемониеву «братцы меньшие». С включением эпизода в приемной генерала Зубатова и описания попойки, устроенной Потанчиковым, охват чиновничьей жизни в рассказе значительно расширился. Генерал Зубатов, вице-губернатор, чиновники губернского правления пополнили число действующих лиц, в рассказе появилась жизненная среда, взрастившая и воспитавшая не одно поколение Гегемониевых и Потанчиковых. В этой редакции рассказ и был опубликован в «Московском вестнике», фактически редактировавшемся тем самым И. В. Павловым, который подсказал Салтыкову мысль о варягах-администраторах.
Еще до появления рассказа в печати Салтыков выступал с чтением его в литературных кружках Петербурга [256], а в марте 1860 года артист П. М. Садовский читал «Гегемониева» на вечере в пользу Общества для пособия нуждающимся литераторам и ученым [257].
Цензурная история рассказа «Гегемониев» непосредственно связана с цитированным письмом Салтыкова к И. В. Павлову от 23 августа 1857 года. Это письмо подверглось перлюстрации и на основании извлеченных из него сведений 22 октября 1857 года в Главном управлении цензуры было заведено дело «О предполагаемой к напечатанию статье г. Салтыкова пол заглавием «Историческая догадка»» [258], а попечители Московского и Санкт-Петербургского учебных округов, в чьем подчинении находились цензурные комитеты, получили строгое распоряжение «в случае поступления на рассмотрение <…> сочинения или журнальной статьи г. Салтыкова под заглавием «Историческая догадка», изложенной в виде беседы учителя с учениками, обратить на оную особенное <…> внимание» [259].
Однако рассказ, напечатанный Салтыковым в 1859 году под заглавием «Гегемониев», по своему сюжетному оформлению мало соответствовал тому замыслу, о котором писатель сообщал И. В. Павлову в 1857 году. Салтыков дал рассказу другое название; место учителя гимназии занял в рассказе отставной подьячий Гегемониев, а гимназистов, для которых должна была излагаться легенда, сменил вновь назначенный становой пристав Потанчиков. Такое преобразование замысла ввело в заблуждение цензуру, которая пропустила рассказ в печать, не обратив на него не только «особенного», но и никакого внимания.