— Официальная версия гласит, что места попадания самолётов представляли собою зону сплошных пожаров. Тонны авиационного керосина на нескольких этажах каждого здания создали очаги горения с 1000-градусной температурой. Между тем известно, что через эти зоны якобы «сплошного пламени» благополучно прошли десятки людей, спустившиеся с верхних этажей. По их словам, основную опасность представлял вовсе не огонь, а задымление помещений. Это означает, что пожары, вызванные ударами самолётов, были отнюдь не так велики. Скорее всего, основная масса авиационного керосина распылилась при ударе и сдетонировала в процессе взрывов; тем самым топливо в самом начале оказалось исключено из процесса горения;
— Разрушения западного крыла Пентагона ни в малейшей степени не соответствуют геометрическим размерам самолёта, якобы попавшего в здание Военного Министерства.
Последний момент требует некоторого пояснения. Пробоина в стене здания не превышала 4 метров, что невероятно при ударе самолёта, имевшего высоту по килю 13 м. Громадные крылья должны были оставить следы на фасаде или крыше протяжённостью в десятки метров, чего также не наблюдалось. Здание Пентагона даже не было разрушено ударом — его обвал произошёл спустя примерно 30 мин. с момента теракта. ФБР США изъяло более 80 видеоплёнок, запечатлевших события возле Пентагона утром 11 сентября 2001 г. Они оставались секретны до тех пор, пока Агентство по контролю за свободой информации (по американской терминологии — FOIA — Freedom of Information Agency) не потребовало их рассекретить. Это требование было выполнено весьма избирательно. На представленных общественности кадрах не виден ни атакующих самолёт, ни его фрагменты на земле, т. е. представленные общественности материалы ФБР так ничего и не разъяснили;
— Конспирологи указывают на невероятность официального объяснения исчезновения крупных деталей «Боинга-757», попавшего в Пентагон. Согласно официальной версии, киль, фюзеляж, «чёрные ящики» упавшего самолёта и даже его огромные двигатели просто-напросто расплавились в огне пожара. При этом официальная версия американских властей гласит, что из 189 человек, погибших в этом самолёте, были идентифицированы останки 184. Фрагменты тел опознанных погибших были возвращены родственникам для захоронения, каково? Конспирологи вполне справедливо задаются вопросом: если в огне этого пожара плавился и испарялся металл, то как же могли сохраниться человеческие тела или их фрагменты? Сторонники «конспирологической версии» считают, что «Боинг», якобы атаковавший Пентагон, был сбит истребителем ПВО совсем в другом месте, а в здание Военного министерства попал либо исчезнувший в тот день истребитель F-4, либо стратегическая крылатая ракета, либо небольшой самолёт класса «Сессна»;
— Не может не удивлять факт точного попадания огромного пассажирского самолёта в наружный радиус Пентагона. Управление самолётом класса «Боинг» по курсу много проще, чем по высоте. При движении у поверхности земли на скорости 850 км/час, такие самолёты будут подвергаться воздействию мощного экранного эффекта; вносимое им возмущение значительно ухудшит управление самолётом по высоте. Неопытный пилот не сможет «на глаз» выдержать необходимую глиссаду (траекторию снижения) и либо врежется в землю раньше нужного места, либо пролетит дальше. Эфиопские террористы, захватившие самолёт в 1996 г., не смогли попасть им в отель на Коморских островах, как рассчитывали и из-за слишком резкого снижения упали в море у самого пляжа (благодаря этому, кстати, несколько десятков пассажиров самолёта остались живы!). Конспирологи не без основания указывают на то, что арабские террористы, обучившиеся пилотированию на лёгких «Сесснах», при всём своём желании не смогли бы на скорости 850 км/час «воткнуть» огромный «Боинг» точно в фасад Пентагона;
— Самолёт, врезавшийся в Пентагон, снёс на своём пути 5 железобетонных столбов уличного освещения. Это означает, что значительные фрагменты обшивки фюзеляжа и крыльев д.б. упасть за несколько десятков метров от здания, вне зоны пожара. Между тем, никаких крупных частей этого «Боинга» там обнаружено не было.