Результатом подготовки к обороне Курской дуги также явилось большое количество отставших солдат в районе посёлков Клетня и Акуличи. Они формировали партизанские отряды, и с такой активностью, которая перечёркивала все заявления немцев о том, что они полностью контролировали свой тыл, фактически партизаны взяли под контроль главные лесопилки и начали переправлять жизненно необходимую древесину через немецкий фронт — в том числе ночью на самолётах!
Эти партизаны были, разумеется, больше чем просто лесорубы и плотники. Они собирались в мощнейшие группы и ударяли из лесов по дорогам и железнодорожным путям, ведшим к Рославлю, и на долгие сроки останавливали движение транспорта. Это было жизненно важно для русских и дало Красной Армии решающее преимущество в Курской битве.
Чтобы защитить себя от усилившихся набегов, Вторая танковая армия была вынуждена выделять всё больше и больше сил на войну с партизанами. Они уходили с фронта целыми дивизиями для защиты путей сообщения на севере и на юго-западе от Брянска и дорог и железнодорожных путей, ведущих к Орлу, а также связующих дорог в районе Жиздры. Русские перебежчики использовались Вермахтом для охраны тылов около города Трубчевска (к югу от Брянска).
Между ренегатами и партизанами разгорелось жесточайшее сражение, впоследствии район Жиздры стал последним убежищем русских крестьян. Эти небольшие общины подвергались сильнейшим атакам партизан, искавших еду, патроны и людей для пополнения. Несомненно, в этих налётах возникало много личных счётов, и сельские жители с нескрываемой ненавистью ополчались против партизан. Столкновения между русскими партизанами и деревенскими жителями были настолько значительны, что последние даже сами совершали набеги на леса, чтобы найти брошенное оружие и амуницию, необходимые им для защиты не от немцев, а от партизан.
Действия против партизан предпринимались и днём, и ночью. Ничто не могло находиться в безопасности, если оно не охранялось круглосуточно. Немецкие охранные силы выделяли мощные отряды для обороны депо, мостов, штабов и казарм. Любой поезд, движущийся через открытое пространство, должен был усиленно охраняться, если только планировалось, что он вернётся из этого рейса. Все колонны грузовиков конвоировались от одного опорного пункта к другому. Все эти меры по охране тылов при этом были в основном неэффективны, что подтверждалось большими жертвами и колоссальными потерями в боеприпасах и продовольствии, испытываемыми немецкой армией. Об этой территории есть ироническое примечание: ровно здесь же до 1926 или 1927 года укрывались остатки белой армии русских, так и не схваченные советскими силами.
Из всех целей партизан самой важной и для русских, и для немцев была железнодорожная сеть. Когда в Россию пришла весенняя оттепель, она осталась единственным способом переправлять на фронт подкрепления и поставлять припасы. Дороги были непроходимы, и даже когда они были восстановлены, немцы обнаружили, что тысячи их грузовиков находятся в настолько ужасном состоянии, что у них не оставалось никакого выбора, кроме того, как перейти на лошадиные упряжки, очень уязвимые для атак партизан.
Партизаны приобрели серьёзный опыт в части ударов по железнодорожным путям, и их методы работы были очень многообразны. Для рядовых нападений они использовали несколько типов мин, притом различие в видах мин затрудняло задачу распознавания и обезвреживания их немцами. Мины, реагирующие на давление и на вибрацию, были просты и эффективны и были рассчитаны так, что взрывались, когда над ними проходил локомотив. Но если партизаны хотели чего-то большего, чем просто крушения локомотива и остановки движения, например уничтожения груза с боепитанием (скажем, топлива для танков), они устанавливали на путях заряды, которые взрывались, если потянуть за шнур. Нацистам также сильно досаждали установленные под железнодорожными путями в ходе отступления мины, которые взводились только после трёх месяцев с момента их закладки.
Конечно, немцы прибегали к такой предосторожности, как прицепка перед локомотивом тяжело загруженных платформ. Партизаны предпринимали контрмеры против этого: они перешли к минам замедленного действия. Мины активизировались давлением платформ, но взрывались с задержкой в несколько секунд, так что взрыв происходил, только когда локомотив или другие вагоны были над миной.
Нацистские миноискатели были очень эффективны, но даже самое продвинутое оборудование было бесполезно против настойчивости и находчивости русских. Многие мины представляли собой не что иное, как взрывные заряды, заключённые в металлическую коробку с предохранителем. Когда немцы изменили свои методы обнаружения для поиска этого вида мин, русские начали использовать магнитные мины, помещаемые прямо на поезда саботажниками в мастерских и на станциях; эти магнитные мины просто обладали детонаторами с большей задержкой по времени.