«Разве можно доверять общепринятым понятиям, убедившись на собственном опыте, как сильно меняется отношение к тому или иному с раннего детства до глубокой старости? Иногда даже богиня может вызвать раздражение, а при взгляде на старуху порождается страсть. То, что существует сейчас, потом исчезнет, а на смену ему придет новое. Заблуждения ума не поддаются исчислению».
Кроме того, в противовес попыткам сторонников Гелугпа объяснить, что для будды секунда равна зону (неисчислимому периоду времени), а мировая система равна частице, что благодаря волшебным силам будды эти понятия не являются взаимоисключающими, Гедун Чопел говорит, что настоящие волшебники не будды, а мы, простые смертные, так как в силу нашего концептуального мышления мировую систему невозможно вместить в частицу, а эон — в секунду. Он намекает, что ученым школы Гелугпа легче ориентироваться в своих постулатах на восприятие просветленных существ, или будд, чем на ограниченное восприятие обычных людей.
Стандартная позиция последователей школы Гелугпа основана на законе об исключенной середине; они отказываются воспринимать буквально многие утверждения Будды, Нагарджуны и других, в которых, как им кажется, отрицается и существование, и несуществование, объясняя это тем, что на самом деле в этих утверждениях опровергается самообусловленное существование. Однако Гедун Чопел не верит в закон об исключенной середине, настаивая на том, что реальность действительно находится за гранью всех двойственных предположений. В «Трактате о страсти» в одном из отступлений он говорит, что реальности присущи, на первый взгляд, противоречивые признаки — пустота и блаженство:
«Если рассматривать запредельное значение, то есть конечную природу стабильного (окружающей среды) и движущегося (ее обитателей), с негативной стороны, оно пустотно, а с позитивной — являет собой блаженство. Пустота есть не-аффирмативный негатив, а блаженство есть позитив, что дает нам повод усомниться в уместности подведения их под одну основу; однако не надо бояться рассуждений, облекающих их союз в двойственные концепции».
Его познания в диалектике убедили его в ограниченности логики.
Он также критикует слепую веру в описания Чистой Земли, не выходящие за рамки индийской культуры, замечая, что, случись Будде рассказывать о ней на Тибете, он бы учел тибетские обычаи, и тогда в Чистой Земле росли бы деревья исполнения желаний с листьями, уставленными чашками масляного чая. При этом Гедуна Чопела нельзя обвинить в нигилистическом релятивизме; он не говорит, что не верит в состояние будды, а утверждает, что Будда проповедовал так, чтобы его учения были доступны для аудитории. Очевидно, его проницательный ум иконоборца и многочисленные поездки привили ему чувство культурного релятивизма, отличавшее его от большинства его соотечественников.
Его работа «Украшение мысли Нагарджуны» отличается таким свободомыслием, что в наши дни некоторые консервативные сторонники школы Гелугпа, не смея отрицать, что Гедун Чопел был выдающимся ученым, но будучи не в силах представить себе, что умный человек мог критиковать Цонкапу, полагают, что основные идеи «Украшения мысли Нагарджуны» принадлежали не Гедуну Чо-пелу, а его ученику — последователю школы Ньингма Да-ва-санг-бо.[4] Книгу восприняли крайне серьезно, и впоследствии она была подвергнута критике в работах его бывшего наставника Ше-раб-гья-цо, Дзэй-мэй Ло-санг-бел-дена и соученика по колледжу Го-манг университета Дре-бунг Йон-ден-гья-цо.